1. 核心结论：在不知情的情况下自建房被兄弟用于贷款，您需要先确认贷款具体情况，再根据不同情形采取相应措施，如与兄弟协商、向贷款机构说明情况、通过法律途径解决等。
2. 具体分析：
   • 确认贷款具体情况：
     • 首先，您要尽快与兄弟取得联系，了解他是在哪个金融机构办理的贷款，贷款金额、期限、还款方式等详细信息。同时，询问他使用自建房贷款的原因以及目前的还款状况。
     • 接着，前往相关贷款机构，要求其提供贷款合同等文件。查看合同中关于抵押物的描述，确认自建房是否确实被设定为抵押物，以及合同中的各项条款，包括贷款用途、违约责任等。
   • 不同情形及应对措施：
     • 若兄弟未经您同意擅自抵押且贷款机构存在过错：
       • 如果贷款机构在办理贷款时，没有尽到合理的审查义务，例如没有核实抵押物的所有权情况，没有要求您出具同意抵押的书面文件等，那么贷款机构可能存在一定的过错。
       • 在这种情况下，您可以先与贷款机构协商，说明您对贷款一事并不知情，要求其解除对自建房的抵押登记，并停止发放剩余贷款（如果有）。如果贷款机构不同意，您可以收集相关证据，如您对贷款不知情的证明、贷款机构未尽审查义务的证据等，向法院提起诉讼，主张贷款合同无效，要求解除抵押。
     • 若兄弟未经您同意擅自抵押但贷款机构无过错：
       • 如果贷款机构在办理贷款时，已经尽到了合理的审查义务，但由于兄弟采取了欺骗等手段，使得贷款机构误以为您同意抵押，那么贷款机构可能不存在过错。
       • 此时，您仍然可以先与兄弟协商，要求他尽快还清贷款，解除对自建房的抵押。如果兄弟无力偿还贷款，您可以考虑与兄弟达成协议，由您代为偿还贷款，然后向兄弟追偿。如果协商不成，您可以向法院提起诉讼，要求兄弟赔偿您因抵押行为所遭受的损失，包括自建房价值可能受到的影响等。
     • 若您事后追认了兄弟的抵押行为：
       • 如果在得知自建房被抵押后，您以书面或其他明确的方式表示同意兄弟的抵押行为，那么该抵押行为将视为有效。
       • 在这种情况下，您需要与兄弟共同承担还款责任。如果兄弟无法按时还款，贷款机构有权依据抵押合同对自建房进行处置，如拍卖、变卖等，以实现债权。您需要与兄弟协商好还款计划，避免自建房被处置。
3. 后续建议：
   • 在处理此事的过程中，要注意保留好相关证据，如与兄弟的沟通记录、贷款机构提供的文件等，以便在需要时维护自己的合法权益。
   • 如果对法律程序和相关规定不太了解，可以寻求法律专业人士的帮助，他们可以为您提供更具体的法律建议和指导。

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