结论前置：在药厂查出乙肝，并不能作为药厂辞退员工的合法理由。员工有权依据相关法律法规维护自身权益，药厂在做出决策时，必须严格遵守法律规定。

详细分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国就业促进法》第三十条，用人单位招用人员时，不得以是传染病病原携带者为由拒绝录用。乙肝病毒携带者并不属于法律禁止就业的群体，对于大多数职业，包括药厂的工作，用人单位不能因员工是乙肝患者或携带者而予以辞退。
   • 《关于维护乙肝表面抗原携带者就业权利的意见》也明确指出，应保护乙肝表面抗原携带者的就业权利，除特定禁止从事的工作外，不得以此为由拒绝招用或辞退。
   • 《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条特别规定，劳动者患病或非因工负伤且在规定的医疗期内，用人单位不得随意解除劳动合同。这意味着，如果员工因乙肝需要治疗且在医疗期内，药厂更不能辞退员工。

2. 违法解雇的后果：

   • 若药厂无正当合法理由，仅以员工查出乙肝就将其辞退，将构成违法解除劳动合同。
   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十八条和第八十七条，员工有权要求药厂继续履行劳动合同；若不要求继续履行或劳动合同已无法继续履行，药厂需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。赔偿金的计算依据员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资。

3. 特殊情况下的合法性探讨：

   • 尽管一般情况下辞退乙肝患者不合法，但如果员工所患乙肝严重影响其正常工作，且无法通过合理调整工作岗位等方式解决，同时符合法律规定的用人单位解除劳动合同的情形（如劳动者不能胜任工作，经过培训或调整岗位仍不能胜任），药厂在履行一定法定程序后辞退员工，可能是合法的。但这种情况非常特殊，且药厂需承担举证责任，证明员工确实无法胜任工作且无法调整岗位。
   • 即便如此，药厂也需依法支付相应的经济补偿，且这种辞退行为仍需受到严格审查，以防止滥用。

4. 员工权益保护与维权建议：

   • 经济补偿与赔偿：若员工在法定医疗期内被辞退，药厂需支付双倍经济补偿的赔偿金。若员工因病不能工作而被辞退，单位也需支付相应的经济补偿。
   • 维权途径：员工应先与药厂进行协商沟通，要求纠正错误决定。若协商不成，可向劳动监察部门投诉，要求其责令药厂改正违法行为。员工也有权申请劳动仲裁或提起诉讼，要求药厂支付违法解除劳动合同的赔偿金。
   • 证据收集与法律咨询：在维权过程中，员工应注意收集相关证据（如体检报告、劳动合同、辞退通知等）。同时，员工可以直接向我咨询，了解自己的合法权益和维权策略。

总结：药厂不能以员工查出乙肝为由擅自辞退，这违反了相关法律法规对劳动者平等就业权的保护。员工在面临此类情况时，应积极采取法律行动维护自身合法权益。同时，药厂也应遵守法律规定，确保公平就业，避免不必要的法律风险和经济损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。