结论：在破产程序中，破产抵销权不得抵消的情形主要包括以下几种，这些规定旨在维护破产程序的公平性和公正性，防止个别债权人通过抵销权谋取不当利益。
破产申请受理后取得的债权不得抵消
- 法律依据：根据《中华人民共和国企业破产法》第四十条第一项，债务人的债务人在破产申请受理后取得他人对债务人的债权的，不得抵销。
- 解释：破产抵销权主要适用于破产申请受理前已存在的债权债务关系。若债务人的债务人在破产申请受理后取得债权，并试图以此进行抵销，将可能损害其他债权人的利益，导致不公平的结果。
- 示例：A公司欠B公司货款100万元，破产申请受理后，B公司将该债权转让给C公司（C与A无实质业务往来），C公司不得主张与其对A公司的债务抵销。
债权人明知债务人破产风险而负担的债务不得抵消
- 法律依据：根据《中华人民共和国企业破产法》第四十条第二项，债权人已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，对债务人负担债务的，不得抵销；但是，债权人因为法律规定或者有破产申请一年前所发生的原因而负担债务的除外。
- 解释：当债权人已经知晓债务人存在不能清偿到期债务或者破产申请的事实时，其对债务人新负担的债务，可能存在利用抵销权谋取不当利益的动机。为防止此类行为破坏破产程序的公平性，法律明确规定在此种情形下，债权人不得主张抵销。
- 示例：某银行在债务人明显丧失偿债能力后仍发放贷款，该债权可能被认定不可抵销。
债务人的债务人明知债务人破产风险而取得的债权不得抵消
- 法律依据：根据《中华人民共和国企业破产法》第四十条第三项，债务人的债务人已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，对债务人取得债权的，不得抵销；但是，债务人的债务人因为法律规定或者有破产申请一年前所发生的原因而取得债权的除外。
- 解释：债务人的债务人在已知债务人有破产风险的情况下，为减少自己对债务人的债务履行，可能会恶意取得对债务人的债权并主张抵销。这种行为同样会损害其他债权人的利益，因此法律也规定在此类情形下，债务人的债务人不得主张抵销。
- 示例：D公司对E公司享有工程款债权，但该债权源于三年前工程纠纷判决，E公司不得以近期对D公司的采购款主张抵销（若E公司是在明知E公司破产风险的情况下近期取得对D公司的债权，则不得抵销；但本例中债权取得时间较早，通常可抵销，此处仅为说明法律逻辑）。
实务中的特殊注意事项：
- 共益债务的优先性：破产费用与共益债务（如管理人报酬、为全体债权人利益支出的费用）具有绝对优先性，其他普通债权不得与之抵销。
- 别除权的独立性：有财产担保的债权人行使优先受偿权时，其债权金额超出担保物价值的部分方可参与抵销，且需符合法定条件。
- 关联交易的严格审查：对关联企业间的债权债务，法院将重点审查交易真实性、价格公允性及是否存在利益输送，防范通过虚构交易实现抵销。
风险防范建议：
- 债权人：在债务人出现财务危机时谨慎交易，保留完整履约证据，避免被认定为“恶意”债权人。
- 债务人：加强应收账款管理，定期审计关联交易，避免临近破产时的异常债务变动。
- 管理人：建立严格的债权申报审核机制，对可疑抵销申请启动专项调查，确保破产程序的公平性和公正性。
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