缉私部门没收代工的化妆品是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 若代工的化妆品本身存在违法情形：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国海关法》及相关缉私规定，缉私部门有权对走私、违规进出口的货物进行查扣和没收。如果代工的化妆品属于走私品、未经许可进出口的特殊化妆品，或者存在其他违反海关监管规定的行为，缉私部门有权依法进行没收。
   • 具体情形：例如，代工的化妆品未取得进口许可、未缴纳关税、违反了化妆品进出口的相关规定等，这些情况下缉私部门的没收行为是合法的。

2. 若代工的化妆品本身合法，但缉私行为存在程序或实体违法：

   • 程序违法：缉私部门在查扣和没收过程中，必须遵循法定程序，如出示执法证件、制作查扣清单、告知当事人权利等。如果缉私部门未遵循这些程序，其没收行为可能因程序违法而被认定为无效。
   • 实体违法：如果缉私部门在查扣和没收过程中，错误地将合法代工的化妆品认定为违法货物，或者超出了法定没收范围，其没收行为也可能因实体违法而被撤销或纠正。

3. 关于代工化妆品的合法性判断：

   • 合法代工：如果代工的化妆品符合国内外相关法律法规的要求，如取得了必要的生产许可、质量认证、进口许可等，且未涉及走私、违规进出口等行为，那么该化妆品是合法的。
   • 违法代工：相反，如果代工的化妆品存在上述违法情形，或者代工过程中存在其他违法行为（如使用禁用原料、生产假冒伪劣产品等），那么该化妆品就是违法的。

建议：

• 如果您认为缉私部门的没收行为存在违法情形，可以依法向相关部门提出申诉或行政复议，甚至提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
• 在处理此类问题时，建议您及时咨询专业律师，以便更准确地了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和救济途径。

后续行动：

• 如果您有具体的案件情况或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。