结论：对于已进入破产清算程序但尚未受理的案件，是否会立案取决于具体的情况和阶段。一般来说，在破产清算程序正式启动前，相关诉讼或执行程序可能会处于中止或等待状态；而一旦破产清算程序正式受理，则需遵循《中华人民共和国企业破产法》的相关规定来处理。以下是对此问题的详细分析：
一、破产清算程序启动前的状态
在破产清算程序正式启动前，即法院尚未正式受理破产申请时，相关的诉讼或执行程序可能处于一种不确定或等待的状态。此时，债权人可能已经向法院提起了诉讼或申请了执行，但由于破产清算程序的启动，这些程序可能会被暂时搁置，等待法院对破产申请的审查结果。
二、破产清算程序正式受理后的处理原则
执行程序中止：
- 根据《中华人民共和国企业破产法》第十九条的规定，人民法院受理破产申请后，有关债务人财产的保全措施应当解除，执行程序应当中止。这意味着，一旦破产清算程序正式受理，所有针对债务人财产的执行程序都将被中止，包括那些已经提起但尚未立案的执行案件。
诉讼或仲裁的中止与继续：
- 同样根据《中华人民共和国企业破产法》第二十条的规定，人民法院受理破产申请后，已经开始而尚未终结的有关债务人的民事诉讼或者仲裁应当中止；在管理人接管债务人的财产后，该诉讼或者仲裁继续进行。因此，对于已经提起但尚未立案的诉讼或仲裁案件，它们将在管理人接管债务人财产后继续进行。
三、特殊情况下的处理
担保物权人的优先受偿权：
- 尽管破产程序原则上要求中止执行，但对于那些对债务人特定财产享有担保权的债权人（即担保物权人），他们的债权实现可能不会受到破产程序的全面限制。根据《企业破产法》第一百零九条的规定，对破产人的特定财产享有担保权的权利人，对该特定财产享有优先受偿的权利。这意味着，在破产清算程序中，担保物权人可以在担保财产的范围内优先受偿，而不受破产程序的中止影响。
法定优先权的执行：
- 除了担保物权外，某些法律还可能规定特定的债权享有优先权，如劳动债权、税收债权等。这些债权在破产程序中也可能得到特殊保护，其执行可能不受破产程序的全面限制。然而，具体是否继续执行还需根据相关法律法规和案件具体情况来判断。
四、建议与措施
债权人角度：
- 在破产清算程序启动前，债权人应尽可能完善债权证明材料，确保债权申报的顺利进行。
- 在破产清算程序启动后，债权人应密切关注案件进展，及时与管理人沟通，了解债权申报和确认的情况。
- 对于担保物权人或享有法定优先权的债权人，应特别关注自身权益的保护方式，必要时可寻求法律帮助以确保债权的实现。
债务人角度：
- 债务人应积极配合法院和管理人的工作，提供必要的财务资料和经营状况说明。
- 在破产清算程序启动前，债务人应尽可能避免增加不必要的债务或转移财产，以免加重破产清算的难度和负担。
管理人角度：
- 管理人应尽快接管债务人的财产和事务，确保破产清算程序的顺利进行。
- 在接管过程中，管理人应仔细审查债务人的财务状况和债权债务情况，为后续的破产清算工作做好准备。
综上所述，对于已进入破产清算程序但尚未受理的案件，是否会立案取决于具体的情况和阶段。债权人、债务人和管理人都应根据相关法律法规和案件具体情况来采取相应的措施和策略。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。