结论：在协议期间股东已实缴但未履行还款义务的情况下，申请人能否申请法院执行这笔实缴额，需分情况讨论。具体分析如下：

1. 若“还款义务”与实缴出资无关
   若股东的还款义务源于其他法律关系（如借款合同、损害赔偿等），而实缴出资是股东对公司资本的履行义务，二者属于不同法律关系。此时，申请人不能直接申请执行股东的实缴出资额，而应通过以下途径解决：

   • 针对还款义务：向法院提起诉讼或申请仲裁，取得生效法律文书（如判决书、调解书）后，申请强制执行股东的其他财产（如银行存款、房产等）。
     
   • 实缴出资的独立性：实缴出资属于公司财产，股东完成实缴后，该资金即归公司所有，申请人无权直接要求执行公司财产来满足个人债权。

2. 若“还款义务”与实缴出资直接相关
   若协议中明确约定股东需将实缴出资用于偿还特定债务（如公司对申请人的欠款），且该约定不违反法律强制性规定（如不损害公司债权人利益），则可能存在以下情形：

   • 协议效力：若协议合法有效，股东未按约定履行还款义务，申请人可依据协议起诉股东违约，要求其履行还款义务或赔偿损失。取得生效判决后，可申请执行股东的其他财产。
     
   • 执行实缴出资的例外：在极特殊情况下（如股东将实缴出资恶意转移至公司以逃避个人债务），申请人可尝试通过“撤销权之诉”撤销股东的转移行为，再执行相关财产。但此路径需满足《民法典》第538-539条规定的条件（如债务人无偿转让财产、以明显不合理低价转让财产且受让人知情等），且举证难度较高。

3. 若股东实缴出资存在瑕疵
   若股东虽完成实缴，但存在出资不实（如虚假出资、抽逃出资）的情形，申请人可依据《公司法》及相关司法解释，要求股东在未出资范围内对公司债务承担补充赔偿责任。此时，执行对象是股东的“未出资部分”，而非已实缴的出资额。

建议：

• 申请人应首先明确“还款义务”的法律基础（是独立债务还是与出资相关），再选择对应的法律路径。
  
• 若涉及复杂协议或公司财务问题，建议收集相关证据（如协议文本、出资凭证、财务记录等），并委托律师分析具体条款的效力及执行可能性。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体协议内容为您提供更详细的解答。