非标集装箱违法运输的处罚方式需根据具体情况判断，可能按超越许可事项或超限运输处理，具体如下：

一、按超越许可事项处罚的情形

若运输企业或个人在未取得相应运输许可，或超越了许可的运输范围（如许可运输的是标准集装箱，但实际运输的是非标集装箱，且该非标集装箱的尺寸、重量等超出了许可范围），则可能构成超越许可事项的违法行为。

• 法律依据：根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关规定，从事道路运输经营应当取得相应的道路运输经营许可，并按照许可的事项从事经营活动。超越许可事项从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

• 实际案例：曾有运输公司因未经许可运输超大型非标集装箱，被交通管理部门查处，并依据上述规定进行了罚款处罚。

二、按超限运输处罚的情形

若非标集装箱的尺寸、重量等超过了国家规定的限制标准，即使运输企业或个人取得了相应的运输许可，也可能构成超限运输的违法行为。

• 法律依据：根据《中华人民共和国公路法》、《公路安全保护条例》以及《超限运输车辆行驶公路管理规定》等，超限运输车辆是指有下列情形之一的货物运输车辆：（一）车货总高度从地面算起超过4米；（二）车货总宽度超过2.55米；（三）车货总长度超过18.1米；（四）二轴货车，其车货总质量超过18000千克；（五）三轴货车，其车货总质量超过25000千克；三轴汽车列车，其车货总质量超过27000千克等。对于超限运输车辆，公路管理机构将依法进行处罚，包括罚款、责令停止违法行为、卸载超限部分货物等。

• 实际案例：某运输车辆因运输的非标集装箱超宽、超高，被公路管理机构查处，并依据超限运输的相关规定进行了罚款和卸载处理。

三、综合判断与建议

在实际操作中，对于非标集装箱的违法运输行为，交通管理部门或公路管理机构会根据具体情况进行综合判断，以确定是按超越许可事项还是超限运输进行处罚。因此，建议运输企业或个人在运输非标集装箱前，务必了解并遵守相关法律法规和规定，确保运输行为的合法性和安全性。

若您在非标集装箱运输方面遇到法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。