保函申请未通过时，保函费用是否退还，需根据具体情况及合同约定来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先：

   • 在保函申请过程中，申请人与银行或其他金融机构之间通常会签订一份保函申请合同或协议。这份合同中会明确约定双方的权利和义务，包括保函费用的支付、退还条件等。
   • 若合同中明确约定了保函申请未通过时费用的退还方式，如全额退还、部分退还或不退还等，则应按照合同约定执行。这是处理此类纠纷的首要依据。

2. 无约定或约定不明时的处理：

   • 若合同中未明确约定保函申请未通过时费用的退还方式，则需根据《中华人民共和国民法典》中关于合同履行的相关规定来处理。
   • 根据民法典的原则，合同双方应遵循公平、诚实信用的原则履行合同义务。在保函申请未通过的情况下，若申请人已支付了保函费用，且该费用并未实际用于保函的开具（即银行或其他金融机构未提供保函服务），则申请人有权要求退还部分或全部费用。
   • 具体退还金额可能需要根据实际情况进行协商或诉讼确定，如考虑银行或其他金融机构在处理保函申请过程中已产生的合理费用等。

3. 实际操作中的建议：

   • 在申请保函前，申请人应仔细阅读并理解保函申请合同或协议中的所有条款，特别是关于费用支付和退还的条款。
   • 若保函申请未通过，申请人应及时与银行或其他金融机构沟通，了解费用退还的具体政策和流程，并按照要求提供相关证明材料。
   • 若双方无法就费用退还达成一致，申请人可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。

举例说明：假设某企业向银行申请开具一份履约保函，并支付了保函费用。后因某些原因（如项目取消、合同变更等）保函申请未通过。若企业与银行签订的保函申请合同中明确约定了“若保函申请未通过，银行应全额退还保函费用”，则银行应按照合同约定全额退还费用。若合同中未明确约定或约定不明，则企业可与银行协商退还部分或全部费用；若协商无果，企业可通过法律途径解决纠纷。

总结：保函申请未通过时保函费用是否退还，需根据合同约定及实际情况来判断。在处理此类纠纷时，建议申请人先仔细阅读合同条款，了解双方的权利和义务；若合同中无明确约定或约定不明，则可与银行或其他金融机构协商解决；若协商无果，可通过法律途径维护自身权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。