被投资公司在股东公司不知情注销的情况下，需通过以下步骤办理变更登记，核心结论如下：

1. 确认注销事实及股东资格终止时间
   首先需核实股东公司注销的具体时间、注销原因（如自愿注销、强制吊销等）及注销程序合法性。根据《公司法》第188条，公司注销后法人资格终止，原股东权利义务随之消灭。若注销程序存在瑕疵（如未依法清算、虚假清算），被投资公司可主张原股东权利义务承继主体（如清算义务人、股东）继续履行义务。

2. 分情况处理变更登记

   • 情况一：股东公司注销前已履行出资义务
     若股东公司已足额缴纳出资，其注销不影响被投资公司股权结构合法性。此时需通过股东会决议确认原股东权利义务承继主体（如原股东的股东、清算组或继承人），并签署《股权变更协议》，明确由承继主体行使股东权利。随后向市场监管部门提交：

     • 股东会决议；
       
     • 原股东公司注销证明；
       
     • 承继主体身份证明及权利承继文件（如清算报告、股权继承公证书）；
       
     • 修改后的公司章程或章程修正案。
       

   • 情况二：股东公司未履行出资义务即注销
     若股东公司未实缴出资即注销，被投资公司可依据《公司法司法解释三》第18条，要求原股东的清算义务人（如控股股东、董事）在未出资范围内承担赔偿责任。此时变更登记需分两步：

     1. 追责阶段：通过诉讼确认清算义务人责任，取得生效判决；
        
     2. 变更阶段：凭判决书向市场监管部门申请变更登记，将清算义务人登记为新股东，并注明其出资义务及责任范围。

3. 特殊情形处理

   • 隐名股东或代持关系：若注销股东为名义股东，实际出资人需先通过诉讼确认股权归属，再凭生效判决办理变更；
     
   • 国有股权注销：涉及国有资产的，需先履行国资监管审批程序，再办理工商变更；
     
   • 外资股东注销：需经商务部门审批，并提交外汇登记变更材料。

操作建议：

1. 立即委托律师调取股东公司注销档案，核查清算程序合法性；
   
2. 组织股东会形成变更决议，明确承继主体及权利义务；
   
3. 同步准备诉讼材料（如需追责），避免因时效问题丧失权利；
   
4. 变更登记前与市场监管部门沟通，确认材料清单及程序要求。
   

风险提示：若未及时办理变更，可能导致公司决策僵局（如股东会无法召开）、行政处罚（如逾期未登记），甚至影响后续融资或上市计划。建议优先通过协商解决，协商不成需在3年诉讼时效内提起诉讼。如有具体材料需审核，可直接向我提供进一步分析。