结论：军工研究所签订劳动合同时要求员工开具无犯罪证明，这一要求是否合法需分情况讨论，不能一概而论。

分析如下：

1. 一般情况下的合法性分析：

   • 在大多数情况下，用人单位在招聘时要求员工提供无犯罪证明并不直接违反法律法规。然而，这一要求通常不是普遍适用的，而是针对特定岗位或特定行业，如涉及国家安全、金融安全等敏感领域。
   • 对于军工研究所这类涉及国家安全和高度机密的单位，其对员工的背景审查可能更为严格，包括要求提供无犯罪证明，以确保员工没有可能危害国家安全的犯罪记录。

2. 合法性的具体判断依据：

   • 法律法规依据：虽然直接的法律法规可能并未明确规定军工研究所必须要求员工提供无犯罪证明，但根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位有权了解劳动者与劳动合同直接相关的基本情况，劳动者应当如实说明。在军工等特殊行业，这种了解可能包括对员工犯罪记录的审查。
   • 行业特殊性：军工研究所作为涉及国家安全和高度机密的单位，其员工的行为和背景直接关系到国家的安全和利益。因此，要求员工提供无犯罪证明可以视为一种合理的背景审查措施，以确保员工没有可能危害国家安全的犯罪记录。

3. 可能存在的例外情况：

   • 如果军工研究所在招聘过程中对所有岗位都无差别地要求提供无犯罪证明，而某些岗位并不涉及国家安全或高度机密，那么这种要求可能被视为不合理或过度。
   • 另外，如果军工研究所在要求提供无犯罪证明时，没有明确告知员工这一要求的合法性和必要性，或者没有为员工提供申诉或解释的机会，也可能引发法律争议。

4. 法律建议：

   • 对于军工研究所而言，在要求员工提供无犯罪证明时，应确保这一要求与岗位性质、行业特点以及国家安全需求相匹配，避免对所有岗位无差别地适用。
   • 同时，军工研究所应明确告知员工这一要求的合法性和必要性，并为员工提供申诉或解释的机会，以维护员工的合法权益。
   • 对于员工而言，如果认为军工研究所的要求不合理或侵犯了自己的合法权益，可以寻求法律援助或向相关部门投诉。

后续行动建议：

• 如果您是军工研究所的员工或求职者，对这一要求有疑问或担忧，建议直接向研究所的人力资源部门或相关法律顾问咨询，以了解具体要求和法律依据。
• 如果您认为这一要求侵犯了您的合法权益，可以收集相关证据并寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。

如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。