结论：迟到扣1000元是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度角度：

   • 合法情形：如果公司的规章制度中明确规定了迟到扣款的条款，并且该条款的制定程序合法（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），且内容不违反法律、行政法规及政策规定，不与劳动合同、集体合同相冲突，那么公司依据规章制度对迟到员工进行扣款，在合理范围内是合法的。但扣款金额应当合理，不能过度剥夺员工的劳动报酬。
   • 违法情形：若公司规章制度中的扣款条款未经合法程序制定，或者扣款金额明显不合理（如迟到一次扣1000元，远超员工日工资水平），则该条款可能被认定为无效，公司依据此条款扣款即构成违法。

2. 劳动合同角度：

   • 合法情形：如果劳动合同中明确约定了迟到扣款的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么公司依据劳动合同对迟到员工进行扣款，在合理范围内是合法的。
   • 违法情形：若劳动合同中未约定迟到扣款条款，或者约定的扣款条款违反法律、行政法规的强制性规定（如扣款后员工工资低于当地最低工资标准），则公司依据此条款扣款即构成违法。

3. 法律法规角度：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”因此，即使员工迟到给公司造成了经济损失，公司扣款也需遵守上述规定，不能随意扣款。
   • 具体计算：假设员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。若员工迟到一次，公司认为造成了经济损失，欲从工资中扣除。根据规定，每月最多扣除5000元的20%，即1000元。但扣除后员工工资不得低于2000元，因此实际可扣除金额为5000元-2000元=3000元中的较小者，即1000元（在此情况下恰好为20%的上限）。然而，这并不意味着公司可以随意以迟到为由扣除1000元，还需考虑迟到是否实际造成了等额的经济损失，以及扣款是否合理。若迟到未造成实际经济损失，或经济损失远小于1000元，则扣款1000元显然不合理。

建议：

• 对于员工而言，若认为公司扣款不合理，可首先与公司沟通协商，要求公司出示相关规章制度或劳动合同条款，并解释扣款依据。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
• 对于公司而言，应制定合法合理的规章制度，明确迟到扣款的条款和标准，并确保该条款的制定程序合法、内容合理。同时，在扣款前应充分评估迟到是否实际造成了经济损失，以及扣款金额是否合理，避免因扣款不当而引发劳动争议。

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