结论：父亲出售儿子的小产权房是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及房屋产权归属、是否获得合法授权以及交易行为是否符合法律规定等因素。以下从不同角度进行分析：
一、房屋产权归属
若房屋产权归儿子所有：
- 父亲作为非产权人，无权擅自出售儿子的房屋。未经儿子同意或授权，父亲的出售行为构成无权处分，该交易在法律上可能被认定为无效或可撤销。
- 若儿子是未成年人，父亲作为法定监护人，虽有权管理儿子的财产，但出售房屋等重大财产处置行为需符合儿子的利益，并可能需经过相关程序（如法院批准）或获得其他监护人的同意。
若房屋产权存在争议或未明确归属：
- 在产权归属不明确的情况下，任何一方擅自出售房屋都可能引发法律纠纷。此时，应先通过法律途径确认房屋产权归属，再考虑出售问题。
二、是否获得合法授权
若父亲获得儿子的明确授权：
- 若儿子已成年且具有完全民事行为能力，他可以通过书面形式授权父亲出售其房屋。在此情况下，父亲的出售行为是合法的，交易有效。
- 若儿子是未成年人或限制民事行为能力人，父亲作为法定监护人需在符合儿子利益的前提下，并可能需经过相关程序或获得其他监护人的同意后，才能出售房屋。
若父亲未获得儿子的授权或授权不明确：
- 父亲的出售行为可能构成无权处分，交易在法律上可能被认定为无效或可撤销。此时，儿子有权要求父亲承担相应的法律责任，如赔偿损失等。
三、交易行为是否符合法律规定
小产权房的特殊性：
- 小产权房通常指在农村集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发。因此，小产权房的交易可能受到法律限制，如无法办理过户手续等。
- 在出售小产权房时，需特别注意交易行为的合法性，避免因违反法律规定而引发法律纠纷。
交易合同的效力：
- 即使父亲获得了儿子的授权出售小产权房，交易合同的效力也可能因房屋产权的特殊性而受到影响。例如，若合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，或存在欺诈、胁迫等情形，合同可能被认定为无效或可撤销。
法律建议
- 确认房屋产权归属：在出售房屋前，应先通过法律途径确认房屋产权归属，确保出售行为的合法性。
- 获得合法授权：若父亲需代表儿子出售房屋，应确保获得儿子的明确授权，并保留相关证据以备不时之需。
- 咨询专业律师：由于小产权房的交易涉及复杂的法律问题，建议在交易前咨询专业律师，了解相关法律规定和风险，确保交易行为的合法性和安全性。
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