工程设计费用未按规定计算，可能违反以下标准或规定：

1. 违反国家计价规范与标准
   根据《建设工程工程量清单计价规范》（GB 50500-2013）及行业计价标准，工程设计费用需按规定的计算方法（如按费率计取、按项目复杂程度调整等）确定。若未遵循这些规范，可能被认定为“未按约定或法定标准计价”，导致合同无效或需重新核算费用。例如，若合同约定按“设计费率×工程概算”计算，但实际未按约定费率执行，即构成违规。

2. 违反合同约定条款
   若双方签订的设计合同中明确约定了费用计算方式（如固定总价、按阶段支付等），但一方未按约定执行（如擅自增加费用、未分阶段支付），则违反《民法典》中关于“合同履行”的规定（第509条）。此时，违约方需承担继续履行、赔偿损失等责任。

3. 违反行业收费管理办法
   部分行业（如建筑、市政）可能出台专项收费管理办法（如《工程勘察设计收费管理规定》），明确设计费的基准价、浮动范围等。若收费超出政府指导价或未备案，可能被认定为“价格违法”，需接受行政处罚（如罚款、没收违法所得）。

4. 违反审计或财政评审规定
   若项目涉及政府投资或国有资金，设计费用需经审计部门或财政评审中心审核。若未按审核结果调整费用（如虚报设计工作量、抬高费率），可能违反《审计法》或财政资金管理规定，相关责任人可能面临行政处分。

建议行动：

• 立即核对合同条款、计价规范及行业规定，确认费用计算依据；
  
• 若存在争议，收集证据（如合同、计价文件、沟通记录）并咨询专业律师，评估违约责任或维权路径；
  
• 涉及政府项目的，需同步关注审计结论，避免因违规导致项目停滞或资金追回。
  

如有进一步细节（如合同类型、行业领域），可提供更多信息以便针对性分析。