关于农民工工资专用账户是否可以由法院冻结的问题，这并非一个绝对不可冻结的情况，而是需要根据具体法律规定和案件情形来判断。以下是对此问题的详细解答：
一、农民工工资专用账户的基本性质与设立目的
农民工工资专用账户是施工总承包单位为支付农民工工资而设立的专门银行账户。其核心目的在于通过银行代发制度，确保农民工工资能够按时足额发放，从而有效避免拖欠工资问题的发生。这一账户的资金来源主要是建设单位拨付的人工费用，具有明确的专项性和保障性。
二、法律对农民工工资专用账户的保护规定
根据《保障农民工工资支付条例》第三十三条的明确规定，除法律另有规定外，农民工工资专用账户资金和工资保证金不得因支付为本项目提供劳动的农民工工资之外的原因被查封、冻结或者划拨。这一规定体现了法律对农民工工资专用账户的特殊保护，旨在保障农民工能够按时足额获得工资，维护其合法权益。
三、法院可冻结农民工工资专用账户的特定情形
尽管农民工工资专用账户受到法律的特殊保护，但在某些特定情形下，法院仍有权依法对该类资金采取冻结措施。这些情形主要包括：
挪用、占有资金：若工程建设领域用人单位因转包、违法分包、挂靠、拖欠工程款等行为导致农民工工资专用账户资金被挪用、占有，法院可依法对账户资金进行查封、冻结或划拨。
资金未用于支付工资：如果账户资金虽然是以农民工工资专用账户名义开立，但实际并未用于支付农民工工资，如存在与工资支付无关的资金往来等情形，法院同样有权采取冻结措施。
资金超出约定且足以支付工资：根据相关通知，如果农民工工资专用账户中的资金明显超出工程施工合同约定，并且明显超出足额支付该项目农民工工资所需全部人工费，人民法院经认定可依法采取冻结或者划拨措施。
开户银行违规操作：若开户银行存在违法违规行为，如擅自挪用资金等，相关单位及责任人需承担法律责任，此时账户可能被依法冻结。
特定司法程序需求：在破产清算等特定司法程序中，法院可能根据整体债权情况决定冻结农民工工资专用账户。
四、如何避免农民工工资专用账户被不当冻结
为了避免农民工工资专用账户被不当冻结，施工总承包单位应严格遵守相关法律法规，确保账户内资金仅用于支付农民工工资，避免混入其他款项。同时，应规范账户管理，配合监管部门要求，定期公示账户信息。如遇冻结风险，应主动向法院说明账户性质并提供证明材料，以维护自身合法权益。
综上所述，农民工工资专用账户在一般情况下受到法律的特殊保护，不可被随意查封、冻结或划拨。但在特定情形下，如存在挪用、占有资金、资金未用于支付工资、资金超出约定且足以支付工资、开户银行违规操作以及特定司法程序需求时，法院有权依法对该类资金采取冻结措施。