企业领导因贪污被纪委查处后，所查处的钱款归属问题需根据具体情况来确定，但通常这些钱款会依法上缴国库。以下从不同角度进行详细分析：

1. 贪污款项的性质：

   • 贪污款项本质上是企业或国家的财产，被企业领导非法占有。纪委在查处贪污行为时，会依法追缴这些非法所得。

2. 纪委的职责与权限：

   • 纪委主要负责监督执纪问责，对党员干部的违纪违法行为进行查处。在查处贪污案件时，纪委会依法进行调查取证，并追缴涉案财物。
   • 纪委追缴的贪污款项，并非直接归纪委所有，而是需要按照法定程序进行处理。

3. 贪污款项的处理流程：

   • 纪委在查处贪污案件后，会将涉案财物移交至相关部门，如检察机关或财政部门。
   • 检察机关在提起公诉时，会将这些财物作为证据或赃款赃物进行处理。
   • 最终，这些贪污款项会依法上缴国库，成为国家财政收入的一部分。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果贪污款项涉及特定用途或特定主体（如专项资金、慈善捐赠等），可能会根据相关规定进行特殊处理，如返还给原主体或用于特定目的。
   • 但这种情况较为特殊，需要具体案件具体分析，且通常仍需遵循法定程序和原则。

5. 法律后果与启示：

   • 企业领导贪污行为不仅会导致个人面临法律制裁，还会对企业声誉和经营造成严重影响。
   • 企业应加强内部管理，建立健全反腐倡廉机制，防止类似事件的发生。
   • 对于已经发生的贪污案件，企业应积极配合纪委等部门的调查工作，并依法维护自身权益。

总结与建议： 企业领导因贪污被纪委查处后，所查处的钱款通常会上缴国库。企业应加强内部管理，建立健全反腐倡廉机制，以防范贪污等违法行为的发生。如果您或您的企业遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。