在刑事案件中，当对方出具了谅解书后，检察院的处理方式会涉及多个方面，以下是对此问题的详细解答：
一、谅解书的初步审查
检察院首先会对谅解书的真实性和合法性进行严格审查。这一步骤至关重要，它确保谅解书是双方自愿、平等协商的结果，没有受到任何胁迫或欺骗。只有真实合法的谅解书，才能作为后续处理的基础。
二、对案件的综合考量
情节轻微与社会危害性评估：
- 如果犯罪情节相对轻微，且犯罪嫌疑人表现出真诚的悔罪态度，通过赔偿损失、赔礼道歉等方式获得了被害人的谅解，那么对于符合《刑事诉讼法》规定的特定公诉案件（如因民间纠纷引起的犯罪案件，可能判处三年有期徒刑以下刑罚的；除渎职犯罪以外的过失犯罪案件等），检察院有可能决定不起诉。
- 即便案件不属于可和解的范围，谅解书也会作为衡量犯罪嫌疑人社会危害性的一个重要因素。检察院会结合犯罪动机、手段、危害后果等多方面情况，来评估犯罪嫌疑人的再犯可能性以及对社会秩序的影响，并在后续的量刑建议中予以体现。
量刑建议的提出：
- 在向法院提起公诉时，检察院通常会将谅解书作为酌定从轻处罚的情节写入量刑建议书中。基于谅解书所反映的犯罪嫌疑人的悔罪态度和被害人的谅解情况，检察院可能会适当降低刑期幅度，或者建议适用缓刑等。
- 对于因邻里纠纷、家庭矛盾等引发的犯罪案件，如果犯罪嫌疑人能够积极取得被害人的谅解，检察院在量刑建议上可能会给予更大幅度的从宽考量。
三、特殊程序与未成年人案件的处理
社会调查的启动：
- 在未成年人犯罪案件或可能判处缓刑等非监禁刑的案件中，检察院可能会启动社会调查程序。这一程序会对犯罪嫌疑人的平时表现、家庭环境、社会关系等进行调查评估。谅解书所反映的双方矛盾化解情况，将作为调查内容的一部分，为检察院的决定提供重要参考。
附条件不起诉（针对未成年人）：
- 对于未成年人涉嫌特定类型的犯罪，且可能判处一年有期徒刑以下刑罚，符合起诉条件但有悔罪表现的，检察院可以作出附条件不起诉的决定。取得被害人谅解是衡量其悔罪表现的重要因素之一。如果未成年人在考验期内遵守相关规定，考验期满后检察院将不再起诉。
四、谅解书在不同诉讼阶段的作用
- 侦查阶段：谅解书有助于当事人申请取保候审或者撤销案件，因为它反映了犯罪嫌疑人的悔罪态度和被害人的谅解情况。
- 审查起诉阶段：谅解书为被告人带来从轻处理的机会，甚至可能导致不起诉的决定，因为它作为酌定不起诉的重要考量因素之一。
- 审判阶段：谅解书有助于被告人争取缓刑或者从轻量刑，因为它能够证明犯罪嫌疑人在犯罪后的悔罪态度以及与被害人关系的修复情况。
总结与提醒：
谅解书在刑事案件处理中具有重要作用，但它并非免除刑罚的保证，而是作为减轻量刑的参考因素之一。检察院在处理案件时，会综合考虑犯罪的性质、情节、社会危害程度以及谅解书的内容等多个方面，以作出公正、合理的裁决。因此，犯罪嫌疑人及其家属应充分认识到谅解书的重要性，并积极配合检察院的工作，同时也要理解谅解书并非决定性因素，最终裁决还需综合考虑案件整体情况。