农民专业合作社不是合伙企业，它们在法律依据、设立主体、责任承担、治理结构以及盈利分配等多个方面均存在显著差异。以下是对这两者的详细比较和分析：

一、法律依据与定义

1. 农民专业合作社：它是依据《中华人民共和国农民专业合作社法》设立和运行的，旨在支持、引导农民专业合作社的发展，并规范其组织和行为。合作社是在农村家庭承包经营基础上，由同类农产品的生产经营者或同类农业生产经营服务的提供者、利用者自愿联合、民主管理的互助性经济组织。

2. 合伙企业：它主要受《中华人民共和国合伙企业法》调整，为合伙企业的设立、运营等提供法律规范。合伙企业则是由两个或两个以上的自然人、法人或其他组织共同出资、共同经营、共享收益、共担风险的企业组织形式。

二、设立主体

1. 农民专业合作社：其成员主要由同类农产品的生产经营者或同类农业生产经营服务的提供者、利用者组成，且农民成员至少占成员总数的百分之八十，体现了其以农民为主体的特性。

2. 合伙企业：合伙人可以是自然人、法人或其他组织，对主体身份的行业属性没有特定要求，只需依照《合伙企业法》订立合伙协议即可。

三、责任承担方式

1. 农民专业合作社：成员以其账户内记载的出资额和公积金份额为限对合作社承担责任，即有限责任。

2. 合伙企业：在普通合伙企业中，合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任；在有限合伙企业中，普通合伙人承担无限连带责任，而有限合伙人则以其认缴的出资额为限承担责任。

四、治理结构

1. 农民专业合作社：实行民主管理，成员大会是最高权力机构，成员地位平等，实行一人一票的基本表决权制度，但允许一定比例的附加表决权。

2. 合伙企业：根据合伙协议约定进行管理，合伙事务可以由全体合伙人共同执行，也可以委托部分合伙人执行。在有限合伙企业中，仅普通合伙人执行合伙事务。

五、盈利分配方式

1. 农民专业合作社：盈余主要按照成员与合作社的交易量（额）比例返还，且返还总额不得低于可分配盈余的百分之六十；其余部分则按成员账户中的出资额、公积金份额及量化到成员的财政补助和捐赠财产进行分配。

2. 合伙企业：利润分配首先依据合伙协议的约定；若协议未约定或约定不明确，则由合伙人协商决定；协商不成时，按实缴出资比例分配；无法确定出资比例时，则平均分配。

综上所述，农民专业合作社与合伙企业在多个方面均存在明显区别。因此，在实际应用中，应根据具体需求和情况选择适合的企业组织形式，并严格遵守相关法律法规，以确保企业的合法运行和权益保护。如果您有任何法律问题或需要更详细的解答，建议咨询专业律师。