申请工程质量鉴定的时间确实存在限制。这些限制主要来源于相关法律法规的规定以及实际鉴定工作的需要。
鉴定时限规定：
- 鉴定机构应当在与委托人签订司法鉴定协议书之日起三十个工作日内完成委托事项的鉴定。但在实际鉴定实践中，由于各种因素的影响，完成鉴定的时间可能会延长，有的甚至达到四十五天或两个月。因此，具体完成时间以鉴定会完成后实际通知的时间为准。
- 如果委托鉴定的内容涉及复杂、疑难、特殊的技术问题或者检验过程需要较长时间的，经鉴定机构负责人批准，完成鉴定的时间可以延长，但延长时间一般不得超过三十个工作日。也就是说，两个月应当是延长过的鉴定期限。如果鉴定机构还要进一步拖延时间，且没有其他特殊情况，那么这种行为可能属于超时鉴定的违规行为。
举证期限与鉴定申请：
- 在诉讼过程中，举证期限通常也是限制申请工程质量鉴定时间的一个重要因素。《证据规定》指出，人民法院指定的举证期限不得少于三十日，审判实践中可以根据案件难易程度适当延长。涉及工程造价鉴定的案件，举证期限一般以六十日为宜。这意味着，在诉讼过程中，当事人需要在规定的举证期限内提出鉴定申请，否则可能会面临证据失权的法律后果。
特殊情况下的鉴定申请：
- 在某些特殊情况下，如涉及国家利益、社会公共利益或者他人合法权益的工程项目，即使当事人未提出鉴定申请，人民法院也可能依职权启动鉴定程序。这种情况下，鉴定时间的限制可能会受到法院审理进度和程序要求的影响。
综上所述，申请工程质量鉴定的时间确实存在限制，这些限制既来自于法律法规的明确规定，也来自于实际鉴定工作的需要和诉讼程序的要求。因此，当事人在申请工程质量鉴定时，应当充分了解并遵守相关规定和程序要求，以确保鉴定工作的顺利进行和鉴定结果的合法性、有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。