职工或者其近亲属认为是工伤，用人单位不认为是工伤的，确实由用人单位承担举证责任。

首先，从法律条文的角度来看，《工伤保险条例》第十九条第二款明确规定：“职工或者其近亲属认为是工伤，用人单位不认为是工伤的，由用人单位承担举证责任。”这一规定明确了在工伤认定过程中，当双方存在争议时，举证责任由用人单位承担。

其次，从实际操作的角度来看，用人单位通常掌握着更多的工作场所信息和管理文件，如工作环境、工作流程、设备状况以及考勤记录等。这些证据对于判断工伤事故的发生原因和责任归属至关重要。因此，由用人单位承担举证责任，也是基于其在实际操作中的证据掌控优势。

最后，从保护劳动者权益的角度来看，举证责任倒置原则体现了法律对处于相对弱势地位的劳动者的特殊保护。如果用人单位不能提供充分的证据来证明职工的受伤不属于工伤，那么劳动行政部门将依法认定该职工为工伤，从而确保劳动者的合法权益得到保障。

综上所述，无论是从法律条文、实际操作还是保护劳动者权益的角度来看，当职工或者其近亲属认为是工伤，用人单位不认为是工伤时，都由用人单位承担举证责任。如果用人单位对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。