公司做股东（即企业法人股东）和自然人做股东之间存在多方面的区别，主要体现在以下几个方面：
主体性质与定义
- 自然人股东：指基于自然出生而依法享有民事权利和承担民事义务的个人。他们以个人身份投资公司，直接享有并行使股东权利，如分红权、表决权等，同时以个人名义承担股东义务。自然人股东的投资行为体现其个人意志。
- 公司股东（企业法人股东）：指具有独立法人资格的企业或组织，以公司的名义进行投资，并成为被投资公司的股东。公司股东的行为基于法人意志，通过公司内部决策机构（如股东会、董事会）作出投资决策。公司股东的权利和义务由公司整体来行使和承担。
权利行使方式
- 自然人股东：通常亲自出席股东会会议，直接表达意愿并行使表决权。在小型公司或家族企业中，自然人股东可能积极参与公司的日常经营管理。
- 公司股东：需委派代表出席被投资公司的股东会会议，该代表按照公司内部的决策意见进行表决。公司股东的投资决策和权利行使通常经过公司内部法定程序，如董事会决议等。
责任承担方式
- 自然人股东：在有限责任公司中，以其认缴的出资额为限对公司承担责任；在股份有限公司中，以其认购的股份为限对公司承担责任。个人股东的责任范围明确且有限。但在特定情况下，如滥用公司法人独立地位和股东有限责任逃避债务，可能需对公司债务承担连带责任。
- 公司股东：同样以其出资额或认购的股份为限对被投资公司承担有限责任。但若存在滥用法人独立地位和股东有限责任、逃避债务等行为，严重损害被投资公司债权人利益的，公司股东可能需要承担连带责任。此外，若公司股东资不抵债，可能会进入破产程序，其持有的其他公司股权也会作为破产财产进行清算。
税务处理
- 自然人股东：从公司取得的股息、红利所得，需按“利息、股息、红利所得”项目缴纳个人所得税，税率为百分之二十。若转让股权，还需就股权转让所得缴纳个人所得税。
- 公司股东：符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益通常为免税收入。但公司股东若转让股权，可能需就股权转让所得缴纳企业所得税。此外，公司股东还需将其收益纳入公司的应纳税所得额，并按企业所得税法缴纳税款。若涉及增值税、印花税等其他税种，也需依法缴纳。
出资能力与灵活性
- 自然人股东：出资能力受限于个人财产状况，资金来源主要包括个人储蓄、工资收入、投资收益等，相对较为有限。投资方式灵活，可直接以个人名义投资，也可通过合伙企业等方式间接投资。
- 公司股东：出资能力较强，可通过多种渠道筹集资金，如银行贷款、发行债券、吸引其他投资者等。大型公司作为股东时，出资规模可能非常庞大。投资方式更多依赖于公司战略决策和投资计划，通常由公司股东会通过决议确定投资策略和项目，并由管理层负责执行。
股权稳定性与决策效率
- 自然人股东：股权变动可能受个人财务状况、投资决策、家庭情况等多种因素影响，相对稳定性较差。但决策链条较短，响应速度更快。
- 公司股东：股权决策通常经过内部决策程序，较为谨慎和稳定。但也可能因战略调整、经营困境等原因转让股权。由于决策流程复杂，股权变动不像自然人股东那样随意，但可能导致反应滞后。
总结与建议：
公司做股东和自然人做股东在主体性质、权利行使、责任承担、税务处理、出资能力及投资方式等方面均存在显著差异。这些差异不仅反映了不同投资主体在公司经营管理中的不同地位和作用，也影响了他们享受权益和承担义务的具体方式。
在实际操作中，选择哪种类型的股东取决于多种因素，包括投资目的、资金状况、税务规划、风险承受能力等。因此，建议投资者在做出决策前，充分考虑这些因素，并咨询专业律师或财务顾问的意见，以确保公司股权结构的合理性和稳定性。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。