针对您提出的“厂房搬迁赔偿协议书丢了怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、确认丢失情况并准备相关信息
首先，请确认协议书确实已经丢失，并尽量回忆协议签订的具体时间、地点、对方单位（如拆迁部门或搬迁实施单位）以及协议中的核心条款，如搬迁厂房的具体地址、补偿方式（货币补偿金额或产权调换情况）、搬迁期限等。这些信息对于后续补办工作至关重要。
二、寻求官方渠道帮助
联系搬迁实施单位： 由于厂房搬迁赔偿协议通常为一式多份，搬迁实施单位理应留有存档。建议您携带个人有效身份证件前往该单位，说明协议丢失的情况，并申请复印其留存的协议文本。搬迁实施单位在核实身份后，一般会予以配合，并在复印件上加盖公章以证明其与原件具有同等法律效力。
查询相关管理部门档案： 若搬迁实施单位无法提供帮助，您可前往当地负责厂房搬迁或拆迁管理的部门（如住房和城乡建设局、房地产管理局或相关工业园区管理部门等），携带相关证件及能证明厂房情况的资料，申请查询并复印该搬迁项目的档案备份中的赔偿协议。这些部门有义务提供档案查询服务，并确保所提供的复印件加盖档案查询专用章。
三、利用其他证据材料
电子证据： 检查您是否曾对赔偿协议进行过拍照、扫描或保存为电子版。这些电子文件虽非原件，但在一定情况下也可作为证明赔偿内容的辅助证据。
证人证言： 与参与搬迁的邻居、经办人等相关方沟通，看他们是否能提供关于赔偿的口头信息或书面证明材料。虽然这类证据的效力可能较弱，但在无其他直接证据的情况下，仍可作为补充证据使用。
四、采取风险防范措施
为避免协议原件被他人不当利用带来潜在风险，建议您在当地公开发行的报纸上刊登赔偿协议遗失声明。声明中应明确您的姓名、厂房地址、协议大致签订时间等信息，并声明原协议已丢失，任何未经授权使用该协议的行为均无效。
五、法律途径维权
如果通过上述途径仍无法获取协议复印件或遇到搬迁实施单位拒绝配合等问题，您可咨询专业律师并通过法律途径维护自己的合法权益。具体包括但不限于向其上级主管部门投诉、申请行政复议或提起行政诉讼等。在必要时，也可考虑起诉至法院，请求法院判决对方提供赔偿协议的副本或确认赔偿的具体内容。
六、总结与建议
厂房搬迁赔偿协议书是保障您权益的重要文件，应妥善保管。一旦丢失，虽可通过上述措施进行补救，但无疑会增加不必要的麻烦和成本。因此，我建议您在签订协议后务必妥善保存原件，并可考虑拍照或扫描保存电子版以备不时之需。同时，增强法律意识，了解相关法律法规和政策规定，以便在遇到问题时能够迅速有效地维护自己的合法权益。