核心前提：双方自愿发生关系导致怀孕，之后共同决定流产，现就赔偿问题产生疑问。
关于双方同意在一起怀孕流产后的赔偿问题，需分情况讨论：
法律层面无直接赔偿规定：
- 在我国法律体系中，并未直接规定因双方自愿发生性关系导致怀孕并流产，一方必须向另一方进行赔偿。流产行为本身，如果是双方共同决定或基于医疗建议，通常不构成法律上的侵权或违约，因此不存在法定的赔偿义务。
可能涉及的赔偿情形：
- 医疗费用分担：虽然法律没有明确规定赔偿，但双方可以基于公平原则或事先约定，协商分担流产过程中的医疗费用。这包括手术费、药费、住院费等直接相关费用。
- 精神损害赔偿：在极少数情况下，如果流产给一方造成了严重的精神损害（如因此患上抑郁症等），且这种损害与另一方的行为有直接因果关系，受损方可能可以主张精神损害赔偿。但这种情况需要严格的法律证明和评估，不是常规情况。
- 其他特殊约定：如果双方在事前有明确的书面或口头约定，关于流产后的赔偿事宜，那么这些约定在合法且不违背公序良俗的前提下，是具有法律效力的。
建议处理方式：
- 友好协商：首先，建议双方通过友好协商的方式解决赔偿问题。可以基于实际情况和公平原则，共同商定一个合理的分担方案。
- 寻求第三方调解：如果协商不成，可以考虑寻求第三方调解机构的帮助，如人民调解委员会等，以更中立、公正的方式解决纠纷。
- 法律途径：在极少数情况下，如果双方无法达成一致，且存在明确的法律依据（如上述的精神损害赔偿等），受损方可以考虑通过法律途径维护自己的权益。但在此之前，建议咨询专业律师以评估案件的可行性和风险。
总结：双方同意在一起怀孕流产后的赔偿问题，法律上并无直接规定。建议双方通过友好协商或第三方调解的方式解决，必要时可寻求法律途径。如有具体疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。