婚内分居协议是可以进行公证的，但公证并非其生效的必要条件。以下是对这一问题的详细解答：
一、分居协议的基本法律效力
分居协议是夫妻双方在不解除婚姻关系的前提下，就终止夫妻同居义务以及分居期间的相关事项（如财产管理、子女抚养等）所达成的书面协议。根据我国法律，只要分居协议的内容不违反法律法规、公序良俗，且是双方自愿签订的，即具有法律效力，对双方均具有约束力。
二、公证的作用与优势
增强协议的公信力和执行力：
- 公证是由公证机构对法律行为、有法律意义的文书和事实的真实性、合法性予以证明的活动。
- 经过公证的分居协议，其真实性和合法性得到公证机构的认可，具有更高的公信力。在后续可能出现的纠纷中，经过公证的协议更容易被法院采信和执行。
提升证据效力：
- 在诉讼中，经过公证的分居协议书具有更强的证明力。根据《民事诉讼法》，公证书可直接作为认定事实的依据，这有助于减少举证难度，加快诉讼进程。
预防争议：
- 公证程序会对协议的合法性和真实性进行审查，这有助于提前发现潜在的法律风险，从而降低后续纠纷的概率。
三、是否需要公证的考量因素
协议复杂程度：
- 如果分居协议涉及大额财产分割、特殊权利义务安排等复杂内容，建议进行公证以增强法律确定性。
履行风险预判：
- 如果存在一方可能违约的风险，公证可以提供更完善的救济途径。例如，若协议包含给付义务（如抚养费支付），公证后可赋予强制执行效力，当一方不履行时，另一方可凭公证书直接申请法院强制执行。
成本效益分析：
- 公证需要支付一定的费用并耗费一定的时间。对于简单清晰的协议，双方可以通过保留签署过程证据（如视频记录）等方式来替代公证，以降低成本。
四、注意事项
- 即使分居协议经过公证，也不代表其内容不可更改或撤销。在特定情况下，如存在欺诈、胁迫等情形时，一方仍有权请求法院变更或撤销该协议。
- 无论是否选择公证，都应确保分居协议的内容真实、合法、有效，并妥善保管好相关证据和材料。
总结：婚内分居协议可以进行公证，以增强其法律效力和证据效力。但公证并非必要条件，双方应根据协议的具体内容、可能产生的纠纷风险以及双方的实际情况来综合考虑是否选择公证。