离职员工权益仅由公司内相关部门负责人确认而未盖公司公章，其有效性需分情况讨论：

1. 从合同或协议的法定形式要求来看：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为的有效成立通常要求行为人具有相应的民事行为能力，且意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。对于离职员工权益的确认，如果这一确认行为是以书面合同或协议的形式进行，那么通常需要满足法定的形式要求，包括但不限于双方签字或盖章。
   • 若公司内部规定或相关协议中明确要求必须加盖公司公章才生效，那么仅由相关部门负责人确认而未盖公章，该确认行为可能因不符合形式要求而无效。这种情况下，离职员工可能需要要求公司补盖公章或采取其他法律措施来维护自己的权益。

2. 从实际履行和表见代理的角度来看：

   • 即使没有加盖公司公章，如果相关部门负责人是在其职权范围内进行的确认，且离职员工有理由相信该负责人有权代表公司进行确认（例如，该负责人一直是处理此类事务的负责人，且公司此前也未对此提出异议），那么根据表见代理的原则，该确认行为可能仍然对公司具有约束力。
   • 此外，如果双方已经实际履行了确认的权益内容，如公司已经按照确认的金额支付了离职补偿等，那么这也可能构成对确认行为有效性的佐证。在这种情况下，即使未盖公章，该确认行为也可能被视为有效。

3. 从证据效力的角度来看：

   • 仅由相关部门负责人确认而未盖公章的文件，在作为证据提交时，其证明力可能会受到质疑。因为公章是公司法人意志的象征，加盖公章通常意味着公司对文件内容的认可和承担相应责任。
   • 如果离职员工需要依靠这份文件来维护自己的权益，那么他可能需要提供其他证据来佐证该文件内容的真实性和合法性，如相关负责人的证言、公司内部的审批流程记录等。

建议：

• 对于离职员工而言，为了确保自己的权益得到有效确认，最好要求公司在相关文件上加盖公章。如果公司拒绝加盖公章，离职员工可以要求公司出具书面说明或采取其他法律措施来维护自己的权益。
• 对于公司而言，为了避免因未加盖公章而引发的法律纠纷，最好在处理离职员工权益确认等事务时，严格按照公司规定和法律法规的要求进行操作，确保相关文件的合法性和有效性。

总结：离职员工权益仅由公司内相关部门负责人确认而未盖公司公章的有效性并非绝对，而是需要根据具体情况进行判断。如果涉及复杂的法律问题或争议，建议离职员工及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。