在确定预约定金的金额时，我们主要需要依据《中华人民共和国民法典》中关于定金的相关规定来进行操作。以下是一些详细的步骤和考虑因素，帮助您明确如何确定预约定金的金额：

一、了解定金的基本法律规定

根据《中华人民共和国民法典》第五百八十六条，定金的数额由当事人约定，但有一个重要的限制条件：定金的数额不得超过主合同标的额的百分之二十。超过这个限额的部分，将不产生定金的效力，而是被视为预付的合同价款。

二、确定主合同标的额

在设定定金之前，首先需要明确主合同的标的额。这通常是双方交易的总金额，比如加盟费、商品购买价款、服务费用等。主合同标的额是计算定金上限的基础。

三、计算定金上限

根据主合同标的额，计算出定金的最高限额。这个限额是主合同标的额的百分之二十。例如，如果主合同标的额为10万元，那么定金的最高限额就是2万元。

四、双方协商确定定金金额

在了解了定金的法律上限后，双方可以根据实际情况和交易需求，在这个限额内协商确定具体的定金金额。这个金额应该既能体现定金的担保作用，又不会给任何一方造成过大的经济负担。

五、注意定金与预付款的区别

在设定定金时，还需要注意定金与预付款的区别。定金具有担保性质，如果支付定金的一方违约，通常无权要求返还定金；而如果收受定金的一方违约，则需要双倍返还定金。预付款则没有这样的担保作用，它只是作为合同履行的一部分价款提前支付。

六、实际案例参考

以您提供的案例为例，赵某加盟某公司的宠物店项目，加盟总费用为2.98万元。根据法律规定，定金的最高限额应为5960元（2.98万元的20%）。虽然赵某支付了1万元作为定金，但其中只有5960元具有定金的法律效力，超出部分的4040元被视为预付的合同价款。

七、签订书面定金合同

为了确保双方的权益，建议在支付定金时签订书面的定金合同。合同中应明确约定定金的金额、支付方式、返还条件等关键条款，以避免后续产生纠纷。

综上所述，确定预约定金的金额需要遵循法律规定，明确主合同标的额，计算定金上限，并在双方协商的基础上确定具体金额。同时，还需要注意定金与预付款的区别，并签订书面的定金合同以保障双方权益。