结论：在贪污罪已定的情况下，合同支付部分剩余部分的认定需结合贪污罪的犯罪构成、合同的具体内容以及资金流向等多方面因素进行综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、贪污罪的犯罪构成与合同支付的关系
贪污罪是指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。在贪污罪已定的情况下，意味着国家工作人员已经通过不正当手段非法占有了部分或全部公共财物。若这些财物涉及合同支付，则需进一步分析合同的具体内容、支付条款以及贪污行为对合同支付的影响。
合同支付条款的审查：
- 需仔细审查合同中的支付条款，包括支付金额、支付方式、支付时间等，以确定贪污行为是否直接影响了合同的正常支付。
- 若贪污行为导致合同支付被截留、挪用或非法占有，则剩余部分的认定需考虑贪污金额与合同支付金额之间的关系。
贪污金额与合同支付金额的对比：
- 若贪污金额小于或等于合同已支付金额，且贪污行为未直接影响剩余部分的支付，则剩余部分可能仍需按合同约定支付。
- 若贪污金额大于合同已支付金额，或贪污行为直接导致剩余部分无法支付，则需根据贪污罪的刑事责任和民事赔偿原则进行综合处理。
二、剩余部分认定的具体情形
贪污行为未影响合同整体效力：
- 若贪污行为仅涉及合同支付中的部分资金，且未影响合同的整体效力和履行，则剩余部分应按合同约定继续支付。
- 在此情况下，贪污者需承担贪污罪的刑事责任，并可能需对因其贪污行为导致的损失进行民事赔偿。
贪污行为导致合同无法履行：
- 若贪污行为导致合同无法继续履行或剩余部分无法支付，则需根据合同法的相关规定处理合同解除、违约责任等问题。
- 同时，贪污者需承担贪污罪的刑事责任，并可能需对合同相对方因此遭受的损失进行全额或部分赔偿。
剩余部分与贪污金额的关联：
- 若剩余部分与贪污金额存在直接关联，如贪污者通过贪污手段截留了合同支付中的部分资金，则剩余部分可能被视为贪污所得的赃款或赃物。
- 在此情况下，剩余部分需依法追缴并返还给合同相对方或相关权利人。
三、法律建议与后续行动
收集证据：
- 在处理此类问题时，首先需收集与贪污行为、合同支付相关的所有证据，包括合同文本、支付凭证、贪污行为的相关证据等。
咨询专业律师：
- 由于此类问题涉及刑事犯罪和民事赔偿的交叉领域，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和操作指导。不过，作为陈思远律师，我可以直接为你提供这方面的法律咨询。
依法维权：
- 根据收集到的证据和律师的建议，依法向相关部门报案或提起诉讼，以维护自身合法权益。
关注刑事责任与民事赔偿的协调：
- 在处理此类问题时，需关注贪污罪的刑事责任与民事赔偿之间的协调问题，确保既追究贪污者的刑事责任，又使其承担相应的民事赔偿责任。
总结：贪污罪已定的情况下，合同支付部分剩余部分的认定需综合考虑贪污罪的犯罪构成、合同的具体内容以及资金流向等多方面因素。在处理此类问题时，建议收集相关证据、咨询专业律师并依法维权。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。