若在申请查封设备过程中发现设备在查封时已被转移，可采取以下措施来维护自身合法权益：

1. 立即向执行法院报告：

   • 一旦发现设备被转移，应第一时间向负责执行查封的法院报告这一情况。法院有权采取进一步措施，如发布查找令、要求相关人员说明设备去向等，以追回被转移的设备。

2. 申请法院采取强制措施：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，对于妨碍民事诉讼的行为，法院有权采取罚款、拘留等强制措施。若设备被非法转移，可申请法院对相关责任人进行处罚，并要求其返还设备或赔偿损失。

3. 调查设备去向并收集证据：

   • 自行或委托律师调查设备的去向，收集相关证据，如转移设备的运输记录、交易合同、证人证言等。这些证据将有助于证明设备被非法转移的事实，为后续的法律程序提供有力支持。

4. 考虑提起刑事诉讼（如构成犯罪）：

   • 如果设备的转移涉及盗窃、侵占等犯罪行为，可向公安机关报案，要求追究相关责任人的刑事责任。刑事诉讼的启动将有助于更严厉地打击违法行为，并可能通过刑事附带民事诉讼的方式追回损失。

5. 申请法院对相关责任人进行民事赔偿：

   • 在民事诉讼程序中，可要求法院判决相关责任人赔偿因设备被转移而造成的损失。这包括设备的直接损失以及因设备缺失而导致的间接损失，如生产停滞、合同违约等。

在处理此类情况时，还需注意以下几点：

• 保持冷静，及时行动：发现设备被转移后，应迅速采取行动，避免延误时机导致证据灭失或设备被进一步转移。
• 咨询专业律师：虽然此处我为你提供了全面的建议，但具体案件的处理仍需根据实际情况进行。因此，建议咨询具有相关经验的律师，以便更准确地制定策略并维护自身权益。
• 保留所有相关证据：在处理过程中，务必保留所有与设备查封、转移相关的证据，包括文件、照片、视频等。这些证据将在后续的法律程序中发挥关键作用。