针对您提出的“二轮土地承包时两个独立户口发一张合同是否违法”的问题，我们需要从农村土地承包的相关法律法规出发，进行详细的分析和解答。

首先，我们要明确的是，农村土地承包是以农户为单位进行的，每个农户作为独立的承包方，应当与发包方签订独立的土地承包合同。这是保障农户土地承包权益的基础，也是农村土地承包制度的基本原则。

接下来，我们分析两个独立户口发一张合同的情况。如果两个独立户口被合并为一份合同，这实际上可能违反了农村土地承包的“一户一合同”原则。每个农户都应当有自己独立的土地承包合同，以明确其承包的土地范围、期限、权利和义务等。将两个独立户口合并为一份合同，可能导致合同内容模糊、权利义务不明确，进而损害农户的合法权益。

此外，从法律实践的角度来看，如果两个独立户口被错误地合并为一份合同，一旦发生土地承包纠纷，将难以确定各自的权利和义务，给纠纷的解决带来困难。因此，为了保障农户的合法权益，避免潜在的纠纷，发包方应当确保每个独立户口都签订独立的土地承包合同。

综上所述，二轮土地承包时两个独立户口发一张合同是违法的，因为它违反了农村土地承包的“一户一合同”原则，可能损害农户的合法权益，并给纠纷的解决带来困难。如果在实际操作中遇到了这种情况，建议农户及时与发包方沟通，要求签订独立的土地承包合同，以保障自己的合法权益。