不配合农村入户巡查可能会面临行政处罚、承担民事责任，情节严重的还可能涉及刑事责任，具体如下：

1. 行政处罚层面：

   • 农村入户巡查通常涉及多个领域，如卫生防疫、消防安全、环境整治等。如果巡查内容是依据相关法律法规开展的，例如《中华人民共和国传染病防治法》中规定的卫生防疫检查，或者《中华人民共和国消防法》中规定的消防安全检查等，居民有义务配合。
   • 若居民无正当理由拒绝配合，相关部门有权根据具体法律法规进行处罚。比如，在卫生防疫检查中，对于拒绝隔离治疗、医学观察、调查、检验采样、采集标本等防控措施的，根据《中华人民共和国传染病防治法》第七十七条，若因此导致传染病传播、流行，给他人人身、财产造成损害的，应当依法承担民事责任；同时，根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十条，拒不执行人民政府在紧急状态情况下依法发布的决定、命令的，处警告或者二百元以下罚款；情节严重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。

2. 民事责任层面：

   • 如果因为居民不配合巡查，导致相关问题未能及时发现和处理，进而给其他居民或公共利益造成损害的，不配合的居民可能需要承担相应的民事赔偿责任。例如，因不配合消防安全检查，导致火灾隐患未能及时排除，最终引发火灾造成他人财产损失的，受损方有权要求不配合的居民承担赔偿责任。

3. 刑事责任层面（极端情况）：

   • 在极少数情况下，如果居民不配合巡查的行为情节严重，且造成了极其严重的后果，可能构成犯罪。比如，在传染病防治期间，故意隐瞒病情或拒绝配合隔离、检查等措施，导致疫情大面积传播，严重危害公共安全的，可能构成以危险方法危害公共安全罪，将面临严厉的刑事处罚。

建议：

• 居民应积极配合农村入户巡查工作，这不仅是法律义务，也是维护自身和他人健康安全、公共利益的重要举措。
• 如果对巡查有疑问或异议，可以礼貌地向巡查人员提出，并寻求合理的解释或解决方案，而不是直接拒绝配合。
• 若遇到巡查人员行为不当或滥用职权的情况，可以向相关部门投诉举报，维护自己的合法权益。