非法营运行为主要由交通运输管理部门负责查处和处理，但交警在特定情况下也有权参与处理并对相关违法行为进行处罚。以下是对这一问题的详细分析：
一、非法营运的定义与主要处罚依据
非法营运是指未依法取得营运权而擅自从事道路运输经营的行为，这违反了《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定。根据该条例，对于未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构（即交通运输管理部门）责令停止经营，并处以相应的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
二、交警在非法营运执法中的角色与权限
协助与联合执法：
- 交警部门在非法营运的执法中，通常扮演协助角色。例如，在联合执法行动中，交警会协助交通运输管理部门拦截、检查涉嫌非法营运的车辆，确保执法过程的安全和顺畅。
对交通违法行为的处罚：
- 如果非法营运车辆同时存在交通违法行为，如超速、闯红灯等，交警可以依据《中华人民共和国道路交通安全法》对这些交通违法行为进行相应的处罚。
特定情形下的处罚权：
- 虽然交警主要负责交通秩序管理，但在某些特定情形下，如非法营运行为严重扰乱交通秩序或危及公共安全时，交警也有权依据相关法律法规对非法营运行为进行直接处罚。例如，若非法营运车辆因超载、超速等行为严重威胁道路交通安全，交警可依法进行处罚。
三、非法营运车主可能面临的法律后果
行政处罚：
- 非法营运车主将被责令改正，并处以罚款。罚款数额根据违法所得的情况而定，有违法所得的，没收违法所得，并处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款。
车辆暂扣或没收：
- 为防止非法营运行为继续发生，交警部门或交通运输管理部门有权对涉案车辆进行暂扣或没收。
刑事责任：
- 如果非法营运行为严重到构成犯罪的程度，如发生交通事故造成人员伤亡或重大财产损失，车主还可能面临刑事责任的追究。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能面临五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产等刑罚。
四、实际案例与法律建议
实际案例：
- 假设张三未取得道路客运经营许可，使用私家车长期在城市中从事有偿载客服务。某日，张三在载客过程中被交警拦下检查。交警发现张三存在非法营运行为，同时车辆还存在超速等交通违法行为。在此情况下，交警会协助交通运输管理部门对张三的非法营运行为进行调查，并依据《中华人民共和国道路交通安全法》对张三的超速行为进行处罚。
法律建议：
- 为维护道路运输市场的正常秩序和乘客的安全，建议车主严格遵守相关法律法规，不要从事非法营运活动。同时，公众也应积极举报非法营运行为，共同维护良好的交通秩序和市场环境。若车主对非法营运的处罚有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
综上所述，非法营运行为主要由交通运输管理部门负责查处和处理，但交警在特定情况下也有权参与处理并对相关违法行为进行处罚。若您或他人遇到非法营运相关问题，可直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。