签了违法厂房转让协议后，处理起来需要遵循一定的法律程序和原则。以下是对此问题的详细解答：
首先，要明确违法厂房转让协议的效力问题。根据《民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为是无效的。因此，如果厂房本身是违法的，比如没有合法的产权证明、违反了土地规划或建筑规划等，那么以此厂房为标的物的转让合同很可能被认定为无效。
一旦厂房转让协议被认定为无效，接下来就需要处理双方因此产生的权利义务关系。具体来说，处理方式如下：
互相返还财产：双方需要互相返还基于该协议所取得的财产。也就是说，受让方需要把厂房归还给转让方，而转让方则需要将已收取的转让款退还给受让方。这是为了让双方回到协议未签订前的状态。
赔偿损失：如果因为协议无效导致一方遭受了损失，那么有过错的一方需要对对方进行赔偿。例如，如果转让方故意隐瞒了厂房存在的重大瑕疵，导致协议无效，那么转让方就需要赔偿受让方因此遭受的损失。如果双方都存在过错，那么就需要各自承担相应的责任。
折价补偿：对于因该协议取得的财产，如果无法返还或者没必要返还，就需要进行折价补偿。比如受让方对厂房投入了大量资金进行改造，无法再原样返还，这种情况下就应该按照合理的价格进行补偿。
解决争议：虽然合同无效，但合同中独立存在的有关解决争议方法的条款仍然有效。如果协议里有仲裁或诉讼管辖的约定，后续纠纷仍可以依据这些约定来解决。
综上所述，签了违法厂房转让协议后，双方需要依据法律规定处理相关事宜。在处理过程中，建议双方保持沟通，协商解决争议，如果无法协商一致，可以寻求法律途径来维护自己的合法权益。