关于农村村委会是否可以注册公司的问题，这需要根据具体情况和相关法律法规来综合分析。

首先，从法律层面来看，《中华人民共和国民法典》有相关规定，如果未设立村集体经济组织，村民委员会可以依法代行村集体经济组织的职能。然而，这并不意味着村民委员会本身就具有直接设立公司制企业的主体资格。实际上，村民委员会作为一个基层群众性自治组织，并不直接具备企业法人的资格，因此它无法直接以自己的名义去注册公司。

再者，如果该村已经设立了村集体经济组织，那么村民委员会的职能就更多地转向了管理和服务，而不是直接参与经济活动。在这种情况下，村民委员会通常不会独立设立公司制企业，而是由村集体经济组织来承担这一职能。当然，如果村集体经济组织决定与其他主体合资设立公司制企业，那是可以的，但这与村民委员会直接注册公司是两个不同的概念。

另外，从实际操作的角度来看，即使村民委员会想要参与经济活动，也通常会通过设立村集体经济组织或者与其他经济实体合作的方式来实现，而不是直接以村民委员会的名义去注册公司。这样做的好处是可以更好地明确权责关系，保护村民的利益，同时也符合相关法律法规的要求。

至于村两委干部担任村投公司负责人的问题，这并不算违规参与营利性活动。根据《中华人民共和国村民委员会组织法》以及相关政策，村干部可以担任村投公司负责人，以推动村集体经济的发展。但村干部在担任公司职务时，必须确保其行为不会与其在村民委员会的职责产生冲突，不会影响其正常履职，也不会损害村民的利益。同时，他们还需要严格遵守国家法律法规、市场规则和商业道德。

综上所述，农村村委会本身并不具备直接注册公司的主体资格。如果想要参与经济活动，通常需要通过设立村集体经济组织或者与其他经济实体合作的方式来实现。同时，村两委干部在担任相关公司职务时，也需要遵守相关法律法规和政策规定。