违法生产经营假菌种确实可能构成犯罪，具体取决于该行为是否满足相关犯罪的构成要件。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律条款与犯罪构成
《中华人民共和国刑法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国刑法》第一百四十七条，生产假农药、假兽药、假化肥，销售明知是假的或者失去使用效能的农药、兽药、化肥、种子，或者生产者、销售者以不合格的农药、兽药、化肥、种子冒充合格的，若使生产遭受较大损失，将受到相应的刑事处罚。虽然该条款直接提及的是假农药、假兽药、假化肥和假种子，但假菌种在性质上与假种子类似，均属于农业生产资料，且可能对农业生产造成重大损失。因此，在司法实践中，违法生产经营假菌种的行为，若满足其他构成要件，有可能被认定为构成生产、销售伪劣种子罪（或类似罪名，具体取决于司法解释和案件具体情况）。
- 另外，如果假菌种被认定为假药（例如，如果菌种被错误地标记为具有药用价值，而实际上并不具备），则可能构成《中华人民共和国刑法》第一百四十一条规定的生产、销售假药罪。
犯罪构成要件：
- 客观要件：包括生产、销售假菌种的行为，以及该行为使生产遭受较大损失（对于生产、销售伪劣种子罪）或对人体健康造成严重危害（对于生产、销售假药罪）。
- 主观要件：要求行为人明知是假菌种而仍然进行生产、销售。
二、立案标准与损失认定
立案标准：
- 对于生产、销售伪劣种子罪，立案标准主要包括直接经济损失达到两万元以上，或其他使生产遭受较大损失的情形。
- 对于生产、销售假药罪，只要存在生产、销售假药的行为，即构成犯罪，无需以造成实际损失为前提。但量刑时会考虑对人体健康造成的危害程度。
损失认定：
- “较大损失”一般以二万元为起点，包括因使用假菌种导致的农作物减产、绝收等直接经济损失，以及为恢复生产而投入的额外成本等间接损失。
- 对于生产、销售假药罪，损失认定主要关注对人体健康造成的危害，如引发疾病、加重病情、导致死亡等。
三、特殊情况与竞合犯罪
未造成较大损失的处理：
- 如果违法生产经营假菌种的行为未使生产遭受较大损失（对于生产、销售伪劣种子罪），或未对人体健康造成严重危害（对于生产、销售假药罪），则可能不构成上述犯罪。但若销售数额较大，可能构成其他犯罪，如生产、销售伪劣产品罪。
竞合犯罪的处理：
- 若违法生产经营假菌种的行为同时触犯了多个罪名（如同时构成生产、销售伪劣种子罪和生产、销售伪劣产品罪），应依据处罚较重的规定进行处罚。
四、法律建议与风险提示
法律建议：
- 生产经营者应严格遵守相关法律法规，确保所生产经营的菌种真实、有效、合格。
- 在生产经营过程中，应建立完善的质量控制体系，对菌种进行严格的检验和检测，防止假菌种流入市场。
风险提示：
- 违法生产经营假菌种不仅可能面临刑事处罚，还可能承担民事赔偿责任和行政处罚。
- 一旦被发现违法生产经营假菌种，将严重影响企业的声誉和信誉，甚至可能导致企业破产倒闭。
综上所述，违法生产经营假菌种确实可能构成犯罪，具体取决于该行为是否满足相关犯罪的构成要件。因此，建议生产经营者严格遵守相关法律法规，确保所生产经营的菌种真实、有效、合格。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。