摩托车在限行区域行驶是违反交通法规的行为，将会面临一系列的处罚措施。以下是对此问题的详细解答：
一、主要处罚措施
罚款
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规的，将面临警告或者20元以上200元以下的罚款。在实际执行中，罚款金额可能因地区差异和违法情节的严重程度而有所不同。例如，在某些城市中心城区的特定禁行路段，摩托车闯入可能面临50元至1000元不等的罚款。
扣分
- 驾驶机动车违反禁令标志、禁止标线指示的，通常会被记3分。但部分地区也可能根据具体情况，规定扣3分至6分。这将对驾驶员的驾驶证记分产生影响，累计记分达到一定程度后，驾驶员可能需要参加交通安全学习或考试。
暂扣车辆
- 在一些情况下，交警有权暂扣违法行驶的摩托车。驾驶员需要到指定地点处理相关事宜，如缴纳罚款、接受教育等。待处理完毕后，才能取回车辆。
二、特殊情况及加重处罚
多次违法
- 对于屡教不改的摩托车驾驶员，执法部门可能会采取更严厉的处罚措施，包括多次罚款、增加扣分，甚至拘留等。
造成交通事故
- 若摩托车在限行区域行驶导致交通事故，驾驶员需承担相应的事故责任。根据事故的严重程度，驾驶员可能面临民事赔偿、行政处罚乃至刑事处罚。如果构成交通肇事罪，还可能面临有期徒刑等刑事处罚。
特殊区域管控
- 在大城市或特殊区域，为加强交通管理和改善环境，对摩托车限行区域的管控可能更为严格，处罚措施也可能相应加重。
电子监控抓拍
- 如果摩托车驾驶员违反限行规定被电子监控设备抓拍，同样会面临罚款和记分的处罚。处理流程可能与现场执法有所不同，但处罚力度是一致的。
三、其他可能的处罚
- 无证驾驶：如果驾驶员没有有效的驾驶证，除罚款外，还可能并处15日以下拘留，罚款金额一般在2000元左右。
- 无牌上路：如果摩托车没有合法的牌照，除罚款外，车辆还可能被扣留。
- 未随车携带行驶证：如果驾驶员未随车携带行驶证，将面临200元的罚款，并暂扣车辆。
四、建议与指导
- 严格遵守交通法规：摩托车驾驶员应充分了解并遵守当地的交通法规，特别是关于限行区域的规定，以避免不必要的处罚和交通风险。
- 注意交通标志和标线：在行驶过程中，驾驶员应密切关注交通标志和标线，合理规划出行路线，确保自身和他人的交通安全。
- 主动配合执法：如果不慎驶入限行区域或遇到交警检查，驾驶员应主动配合，及时缴纳罚款、接受记分处理，并吸取教训，避免再次违法。
综上所述，摩托车在限行区域行驶是明确的违法行为，驾驶员应严格遵守交通法规，以避免不必要的法律后果和交通风险。同时，执法部门也应依法公正地执行处罚，维护良好的交通秩序。