核心结论：不认罪且取保候审满十二个月后，案件可能面临程序终结、移送审查起诉或继续侦查等不同走向，您可通过申请解除强制措施、提出申诉控告、配合或抗辩后续程序等方式维权。以下分情况具体说明：
一、若案件因证据不足、事实不清被“程序终结”
法律依据
根据《刑事诉讼法》第163条，在侦查过程中发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；第177条，对于犯罪情节轻微、依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院可作出不起诉决定。
若取保候审满12个月后，公安机关未移送审查起诉且未补充侦查，或检察院认为证据不足、事实不清，可能直接终止程序。
维权方式
- 申请解除强制措施：若公安机关未主动撤销案件，您可向公安机关提交《解除取保候审申请书》，要求退还保证金并解除限制。
- 申诉控告：若公安机关超期未处理，可向同级或上级检察院申诉，要求监督公安机关依法撤销案件（《刑事诉讼法》第117条）。
- 国家赔偿：若因错误羁押（如超期取保后仍被限制自由）导致人身权受损，可依据《国家赔偿法》第17条申请赔偿。
二、若案件被移送检察院审查起诉
程序走向
取保候审满12个月后，若公安机关补充侦查完毕或认为证据充分，会将案件移送检察院审查起诉。此时案件进入新阶段，您需面对检察院的指控。
维权方式
- 阅卷权行使：根据《刑事诉讼法》第40条，您有权委托律师查阅、复制案卷材料，全面了解指控证据，为辩护做准备。
- 提出无罪或罪轻意见：向检察院提交《法律意见书》，结合证据论证不构成犯罪或应减轻处罚（如自首、立功等情节）。
- 申请羁押必要性审查：若检察院决定逮捕，可依据《刑事诉讼法》第95条申请变更强制措施（如取保候审），避免长期羁押。
三、若案件被退回公安机关补充侦查
程序规则
检察院审查后认为证据不足的，可退回公安机关补充侦查（最多2次，每次1个月）。若补充侦查后仍证据不足，检察院应作出不起诉决定（《刑事诉讼法》第175条）。
维权方式
- 监督补充侦查合法性：若公安机关超期补充侦查或违规取证，可向检察院申诉，要求排除非法证据（《刑事诉讼法》第58条）。
- 申请取保候审延续：若补充侦查期间原取保候审期限届满，可申请继续取保候审，避免被逮捕。
四、若案件进入审判阶段
程序启动
若检察院提起公诉，案件将移送法院审判。此时您需面对法庭调查、辩论等环节，维权重点转向庭审辩护。
维权方式
- 无罪辩护：结合证据和法律，论证指控不成立（如缺乏主观故意、客观行为未达犯罪标准等）。
- 程序违法抗辩：若侦查、起诉阶段存在程序违法（如刑讯逼供、超期羁押），可申请法庭排除非法证据（《刑事诉讼法》第56条）。
- 量刑协商：若认罪态度转变，可与检察院协商量刑建议，争取从宽处理（《刑事诉讼法》第201条）。
关键提醒
- 时效意识：取保候审最长12个月，期限届满前公安机关应解除或变更强制措施；若超期未处理，需主动维权。
- 证据保留：全程保留与案件相关的书面材料（如取保候审决定书、申诉回执等），作为后续维权依据。
- 专业协助：刑事程序复杂，建议委托律师介入，从证据分析、程序监督到庭审辩护提供全程支持。
若您对具体程序或证据问题有疑问，可直接向我咨询，我会结合案情为您详细解答。