房贷起诉期间还款系统不扣钱，可能有以下几种原因：

1. 银行系统处理延迟或故障
   在起诉期间，银行可能因内部系统升级、维护或出现技术故障，导致还款指令未能及时执行。这种情况下，建议先联系银行客服确认系统状态，并保留通话记录或书面回复作为证据。若因系统问题导致逾期，可要求银行出具书面说明，避免影响个人征信。

2. 还款账户状态异常
   若还款账户被冻结、挂失或余额不足，银行将无法完成扣款。需立即检查账户状态，确保资金充足且账户正常。若账户被冻结，需联系法院或银行了解具体原因，并尽快解冻或更换还款账户。

3. 起诉程序影响还款流程
   在房贷纠纷起诉期间，银行可能暂停自动扣款，转而通过法律途径追讨欠款。此时，需主动联系银行或法院，确认还款方式是否变更（如需直接向法院账户还款），并严格按照新要求操作，避免因还款方式错误导致违约。

4. 合同条款或法院裁定限制
   若贷款合同或法院裁定中明确规定了起诉期间的还款方式（如暂停自动扣款、需一次性还清等），需严格遵守。建议仔细阅读合同条款或法院裁定书，或联系律师协助解读，确保还款行为符合法律要求。

建议行动步骤：

• 立即联系银行客服，确认扣款失败的具体原因；
  
• 检查还款账户状态，确保资金充足且账户正常；
  
• 查阅贷款合同或法院裁定书，了解起诉期间的还款要求；
  
• 若因银行或法院原因导致还款问题，保留相关证据并书面提出异议；
  
• 如有疑问或需进一步法律协助，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业建议。