核心结论：婚内财产协议中结婚证编号写错，一般情况下不会直接导致协议无效，但可能会在协议的履行、证明效力等方面产生一定影响，具体如下：

1. 对协议效力的影响
   从法律层面看，婚内财产协议的效力主要取决于协议内容是否符合法律规定，比如双方是否具有完全民事行为能力、意思表示是否真实、协议内容是否违反法律强制性规定或公序良俗等。结婚证编号写错属于书写瑕疵，并非协议生效的核心要件，所以通常不会直接导致协议无效。但如果因为编号错误，导致无法明确协议双方的身份信息，或者引发对协议主体资格的合理怀疑，可能会在一定程度上影响协议的证明力。

2. 对协议履行的影响
   在协议履行过程中，如果涉及到需要向第三方证明该婚内财产协议的存在及内容，比如办理房产过户、车辆变更登记等手续时，相关部门可能会要求提供结婚证以核实夫妻关系。此时，若协议中的结婚证编号与实际不符，可能会导致手续办理受阻，需要额外提供其他证明材料来证明夫妻身份及协议的真实性。

3. 补救措施
   为了避免上述可能产生的不利影响，建议双方及时对婚内财产协议进行修正。可以重新签订一份正确的协议，或者在原协议上进行修改并由双方签字确认，注明修改的原因和日期。如果已经因为编号错误产生了纠纷，可以向法院提供其他证据，如结婚证原件、双方共同生活的事实等，以证明协议的真实性和有效性。