父子亲子鉴定的相似度通常是很高的，但具体数值需达到一定标准才能认定为亲生关系。以下从几个方面为你详细解释：

1. 亲子鉴定的科学标准：

   • 在亲子鉴定中，累积亲权指数（CPI）是判断亲生关系的重要依据。一般来说，CPI达到99.99%及以上，是认定亲生关系的重要阈值。这意味着，如果亲子鉴定的相似度（或更准确地说，是亲权指数）达到或超过这个标准，我们可以高度确信被检测的两个人是生物学上的亲生父子（女）、母子（女）关系。

2. 相似度97.9999%的情况分析：

   • 如果亲子鉴定的相似度为97.9999%，虽然这个数值已经非常接近99.99%的标准，但并未达到常规认定亲生关系的阈值。因此，仅凭这个相似度，我们不能直接断定双方为生物学上的亲生父子（女）关系。
   • 然而，97.9999%的相似度仍然表明被检测的两个人之间存在极高的遗传物质匹配度。这种高度的匹配性提示双方很可能存在某种血缘关系，可能是较近的旁系血亲关系，如叔侄、爷孙等。

3. 进一步确认血缘关系的建议：

   • 为了准确判断这种可能的旁系血亲关系，专业的鉴定机构需要开展专门针对旁系血亲的检测分析项目。这通常涉及更为细致和特定的检测方法及数据分析，以进一步确认双方的血缘关系。
   • 如果你对亲子鉴定的结果有疑问或需要进一步的法律确认，建议咨询专业的鉴定机构或律师，以便获得更准确和全面的信息。

4. 法律背景与后果：

   • 在法律上，亲子关系的认定对于继承、抚养、赡养等法律问题具有重要影响。因此，亲子鉴定的结果必须准确无误，以避免不必要的法律纠纷。
   • 如果亲子鉴定的结果被用于法律程序，如诉讼或调解，那么鉴定机构必须具备相应的资质和认证，以确保鉴定结果的合法性和有效性。

总结来说，父子亲子鉴定的相似度通常很高，但具体数值需达到一定标准才能认定为亲生关系。如果相似度接近但未达到标准，可能提示存在旁系血亲关系，需要进一步检测分析来确认。如果你对亲子鉴定有任何疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。