结论：醉驾被起诉后，如果最终被判处拘役40天，是会留下案底的。
分析说明：
案底的定义：
- 案底，通常指的是犯罪记录，即某人因犯罪行为被法院判决有罪后，留下的相关记录。这些记录会被保存在公安机关的档案中，并可能对个人的社会生活、职业发展等产生一定影响。
醉驾的法律后果：
- 醉驾，即醉酒驾驶机动车，是一种严重的交通违法行为。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，醉驾可能构成危险驾驶罪，如果情节严重，还可能构成更严重的犯罪，如交通肇事罪等。
- 在本题中，用户提到“醉驾被起诉 拘役40天”，这表明用户已经因醉驾行为被法院判决有罪，并受到了拘役的刑罚。拘役是一种短期自由刑，通常用于惩罚较轻的犯罪行为。
拘役与案底的关系：
- 拘役作为刑罚的一种，其判决结果会被记录在个人的犯罪记录中。因此，一旦被判处拘役，就意味着个人有了犯罪记录，即留下了案底。
- 案底的存在可能会对个人的社会生活、职业发展等产生负面影响。例如，某些职业（如公务员、律师、教师等）可能要求应聘者无犯罪记录；在申请贷款、出国签证等时，也可能需要提供无犯罪记录证明。
特殊情况说明：
- 需要注意的是，虽然拘役会留下案底，但在某些特定情况下，如犯罪时未成年、犯罪情节轻微且已得到妥善处理等，可能有机会申请封存或消除犯罪记录。然而，这些情况通常需要满足严格的条件，并经过法律程序的审批。
建议与行动：
- 如果你或他人因醉驾被判处拘役并留下案底，建议积极面对并接受这一事实。同时，可以咨询专业律师了解如何减轻案底对个人生活的影响，以及是否有机会申请封存或消除犯罪记录。
- 在未来的生活中，应严格遵守法律法规，避免再次犯罪，以维护个人的良好形象和声誉。
法律依据：
- 《中华人民共和国刑法》第一百三十三条之一：“在道路上驾驶机动车，有下列情形之一的，处拘役，并处罚金：……（二）醉酒驾驶机动车的；……”。
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百八十六条：“犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。”（虽此条主要针对未成年犯罪，但体现了法律对犯罪记录封存的原则性规定）