结论：新办的二类卡仍被信用卡逾期扣款，可能是因为该二类卡与逾期信用卡存在关联关系，如自动还款设置、共同账户等，或者银行根据相关协议或规定进行了扣款。以下是对此问题的详细分析：
一、二类卡与信用卡的关联关系
自动还款设置：
- 如果您在办理信用卡时设置了自动还款功能，并且指定了某张银行卡（包括新办的二类卡）作为还款账户，那么当信用卡逾期时，银行可能会从该指定账户中扣款以偿还逾期款项。
- 建议：检查您的信用卡还款设置，确认是否设置了自动还款，并查看指定的还款账户是否为您新办的二类卡。如果是，您可以考虑更改还款账户或取消自动还款功能。
共同账户或附属卡：
- 如果您的新办二类卡是作为信用卡的附属卡或与信用卡共享某个共同账户，那么信用卡的逾期款项可能会从该共同账户或附属卡中扣款。
- 建议：联系银行客服，确认您的二类卡是否与信用卡存在共同账户或附属卡关系，并了解相关扣款规定。
二、银行根据相关协议或规定扣款
银行协议：
- 在办理信用卡或二类卡时，您可能签署了相关协议，其中可能包含了银行在特定情况下（如信用卡逾期）从您的其他账户中扣款的条款。
- 建议：仔细阅读您办理信用卡和二类卡时签署的协议，特别是关于扣款、还款和账户管理的部分，以了解银行是否有权从您的二类卡中扣款。
银行规定：
- 银行可能根据其内部规定或政策，在信用卡逾期时从客户的关联账户中扣款，以降低坏账风险。
- 建议：联系银行客服，了解银行关于信用卡逾期扣款的具体规定和政策，以及是否可以从您的二类卡中扣款。
三、其他可能的情况
误扣或系统错误：
- 虽然不常见，但银行在处理大量交易时可能会出现误扣或系统错误，导致从您的二类卡中扣除了不应扣除的款项。
- 建议：如果您怀疑是误扣或系统错误，请立即联系银行客服，提供相关证据（如交易记录、账户余额等），并要求银行进行调查和纠正。
法律诉讼或执行：
- 在极端情况下，如果信用卡逾期款项长时间未还，银行可能会通过法律途径追讨欠款，并可能申请法院对您的财产进行查封、冻结或划拨。然而，这种情况通常不会直接涉及到您新办的二类卡，除非该卡被法院认定为可执行财产。
- 建议：如果您面临法律诉讼或执行风险，请立即咨询专业律师，了解您的法律权利和义务，并制定相应的应对策略。
总结与建议：新办的二类卡仍被信用卡逾期扣款可能是由于多种原因造成的。为了解决这个问题，我建议您首先检查信用卡的还款设置和关联账户情况；其次，仔细阅读您办理信用卡和二类卡时签署的协议；最后，联系银行客服了解具体扣款原因和规定。如果您对银行的解释或处理结果不满意，或者怀疑存在误扣或系统错误等情况，请及时咨询我，我会根据您的具体情况提供进一步的法律建议和帮助。