在刑事案件中，被害人若因被告人的犯罪行为遭受了物质损失，确实有权申请民事赔偿，这通常是通过提起附带民事诉讼的方式来实现的。以下是对这一问题的详细解答：
一、提起附带民事诉讼的一般时机
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，被害人在刑事诉讼的整个过程中，从刑事案件立案开始，一直到第一审判决宣告之前，都有权向司法机关提出附带民事诉讼的请求。具体来说：
侦查阶段：在公安机关对刑事案件进行侦查时，被害人就可以开始准备相关材料，表达自己想要提起附带民事诉讼的意向。
审查起诉阶段：当案件移送至检察院进行审查起诉时，被害人可以直接向检察院提交附带民事诉讼的起诉状。
审判阶段：在法院对案件进行审判时，被害人同样可以向法院正式提起附带民事诉讼。
二、特殊情况下的处理
调解与履行情况：如果在侦查或审查起诉期间，被害人已经提出了赔偿要求，并且经过公安机关或人民检察院的调解，双方达成了协议，且协议已经全部履行，那么被害人再坚持向法院提起附带民事诉讼的，法院一般不会再受理。但是，如果调解协议没有全部履行，被害人仍然可以在刑事诉讼过程中提起附带民事诉讼。
特定类型案件：对于某些特定类型的案件，比如非法占有或处置被害人财产的案件，法院可能会依法进行追缴或者责令退赔。在这种情况下，被害人通常无法再通过附带民事诉讼来寻求赔偿，而需要通过其他途径，比如另行提起民事诉讼，来维护自己的权益。
三、刑事案件审结后的民事诉讼
如果刑事案件已经审结，但被害人仍然没有获得应有的赔偿，那么被害人可以单独提起民事诉讼来追求赔偿。不过，此时需要注意民事诉讼的时效问题，一般为三年，从权利人知道或者应当知道自己的权利受到损害，以及知道义务人是谁之日起开始计算。
四、行政赔偿诉讼的特殊情况
另外，如果被害人遭受的损失是由国家机关工作人员在行使职权时侵犯其合法权益所造成的，那么受害人还有权向法院提起行政赔偿诉讼，以寻求国家赔偿。
总结与建议
综上所述，被害人在刑事案件中因被告人的犯罪行为遭受物质损失时，应充分利用法律赋予的权利，在适当的时间内提起附带民事诉讼或单独民事诉讼以追求赔偿。同时，也要注意特定类型案件和行政赔偿诉讼的特殊规定。如果对此过程有任何疑问或需要进一步的法律帮助，建议咨询专业的法律人士以确保自身权益得到充分保护。