留置被查扰乱经济秩序的后果确实严重，具体后果需根据扰乱经济秩序的具体行为、情节严重程度以及造成的社会影响等多方面因素来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律后果
行政处罚：
- 如果留置被查的行为被认定为扰乱市场秩序，但尚未构成犯罪，那么根据《中华人民共和国治安管理处罚法》等相关法律法规，行为人可能会面临警告、罚款、拘留等行政处罚。这些处罚虽然不涉及刑事责任，但也会对行为人的声誉和日常生活产生不良影响。
刑事责任：
- 如果留置被查的行为严重扰乱经济秩序，构成犯罪，如非法经营罪、扰乱市场秩序罪等，那么行为人将面临刑事责任的追究。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，犯罪行为人可能会被判处有期徒刑、拘役、罚金等刑罚，甚至可能面临没收财产等更严厉的处罚。
二、经济后果
经济损失：
- 留置被查扰乱经济秩序的行为往往会导致市场秩序混乱，影响正常经济活动的进行。这可能导致企业无法正常运营，造成经济损失。同时，行为人也可能因违法行为而面临罚款、赔偿等经济责任。
信用受损：
- 在现代社会，信用是企业和个人参与经济活动的重要基础。留置被查扰乱经济秩序的行为一旦被曝光，将严重影响行为人的信用记录。这可能导致行为人在未来的经济活动中受到限制，如难以获得贷款、难以参与招投标等。
三、社会后果
影响社会稳定：
- 留置被查扰乱经济秩序的行为可能引发社会不满和恐慌情绪，影响社会稳定。特别是在经济不景气的时期，这种行为更容易引发社会矛盾和冲突。
损害政府形象：
- 政府作为市场秩序的维护者，有责任打击扰乱经济秩序的行为。如果留置被查扰乱经济秩序的行为得不到及时有效的处理，将损害政府的形象和公信力。
四、具体案例与法律分析
- 案例一：某企业因非法经营被留置调查，最终被认定构成非法经营罪。法院根据犯罪情节和造成的社会影响，判处企业负责人有期徒刑，并处以巨额罚金。这一案例表明，留置被查扰乱经济秩序的行为一旦构成犯罪，将面临严厉的刑事处罚。
- 法律分析：在判断留置被查扰乱经济秩序的后果时，需要综合考虑行为的具体性质、情节严重程度以及造成的社会影响等因素。如果行为构成犯罪，将依法追究刑事责任；如果尚未构成犯罪，但违反了相关法律法规，也将面临行政处罚等法律后果。
建议：如果你或你所在的企业面临留置被查的情况，且担心可能扰乱经济秩序，建议立即咨询专业律师（即我本人，牟德栋律师，专注于公司事务、合同纠纷领域），以便及时了解法律后果并采取相应的应对措施。同时，应积极配合相关部门的调查工作，如实说明情况，避免事态进一步恶化。