员工“自离”并不意味着劳动合同立即解除，工厂不能直接解除劳动关系，具体原因及处理方式如下：

一、法定解除程序的要求

根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动者解除劳动合同应当遵循法定程序。通常情况下，劳动者应提前三十日以书面形式通知用人单位（试用期内则应提前三日通知）。这是为了保障用人单位有足够的时间来安排工作交接和招聘新员工，确保生产经营的连续性。因此，员工“自离”即擅自离开工作岗位，并未遵循这一法定程序，所以并不直接导致劳动合同的解除。

二、“自离”行为的性质及后果

“自离”行为指的是劳动者未按照法律规定或劳动合同的约定，擅自离开工作岗位且不再回单位工作的行为。虽然我国《劳动合同法》中并未明确提及“自离”这一概念，但法律和实践均认为，无正当理由的擅自离职违反了法定的解除程序。这种行为可能给用人单位带来损失，如影响生产进度、产生额外招聘费用等。然而，这并不意味着劳动合同在员工“自离”时即刻解除。

三、用人单位规章制度的作用

如果用人单位的规章制度或劳动合同中明确规定了连续旷工几天视为自动离职，那么用人单位可以依据这些规定单方面解除劳动合同。但需要注意的是，这种解除并非在劳动者“自离”时即刻生效，而是需要用人单位在确认劳动者违规后作出决定，该决定生效时才解除合同。此外，用人单位的规章制度必须制定程序合法、内容不违反法律法规，并已向劳动者公示或告知，才能作为解除劳动合同的依据。

四、无相关规定时的处理方式

如果用人单位的规章制度或劳动合同中没有关于“自离”的规定或规定不明确，那么用人单位不能简单地认为劳动合同已经自动解除。在这种情况下，用人单位应当按照法定程序处理，如向劳动者发出返岗通知书，要求其返回工作岗位并说明情况。如果劳动者不回，用人单位可以按照法律规定程序解除劳动合同，并可能需要支付相应的经济补偿或赔偿金（具体根据解除原因和法律规定确定）。

五、劳动合同存续期间的义务

在劳动合同存续期间，即使劳动者擅自离职，用人单位仍可能需履行某些义务，如缴纳社保等，直至合同正式解除。这是因为劳动合同的解除需要遵循法定程序和条件，不能仅凭员工“自离”就认为合同已自动解除。

六、实际操作建议

1. 完善规章制度：用人单位应完善内部规章制度，明确“自离”等相关情形的处理方式，确保有章可循、有据可查。
2. 及时作出决策：在遇到员工“自离”情况时，用人单位应及时作出决策，并按照法定程序处理。如发出返岗通知书、进行违规确认、作出解除决定等。
3. 保存相关证据：用人单位应保存与员工“自离”行为相关的证据，如考勤记录、返岗通知书、解除决定等，以证明劳动者的擅自离职行为，避免劳动争议。
4. 遵循法定程序：在任何情况下，用人单位都应遵循法定的程序和条件来解除劳动合同，不能仅凭员工“自离”就认为合同已自动解除。

总结来说，员工“自离”并不直接导致劳动合同的解除。工厂在处理员工“自离”行为时，应根据具体情况及法律规定来判断和处理，确保自身行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。