交警大队对单位车辆违反交通标志且路口无人员指挥的情况，通常会根据具体违法情节依法进行处罚，处罚对象为违法驾驶员或单位车辆管理责任人。具体处理方式如下：

1. 对驾驶员的处罚
   若单位车辆驾驶员在路口未按照交通标志指示行驶（如闯红灯、压线、逆行等），即使路口无人员指挥，仍属于违反《道路交通安全法》的行为。交警大队会通过电子监控抓拍或现场执法，对驾驶员处以罚款、扣分（如闯红灯记6分、罚款200元），并可能要求其参加交通安全教育。若违法行为导致事故，驾驶员还需承担相应事故责任。

2. 对单位的追责
   若单位车辆管理存在漏洞（如未定期安全教育、未监督驾驶员合规驾驶），交警大队可能依据《安全生产法》或地方性法规，对单位进行警告、罚款（如单位车辆多次违法，可能面临更高额罚款），并要求单位整改。若单位指使驾驶员违法（如强制要求闯红灯赶时间），单位直接责任人可能被追究行政责任甚至刑事责任。

3. 路口无指挥的特殊情形
   若路口因信号灯故障、施工等原因无人员指挥，驾驶员仍需遵守交通标志指示。此时若发生违法，交警会结合监控记录、证人证言等证据，认定驾驶员是否尽到“谨慎观察义务”。若驾驶员未减速观察或强行通行，仍会被处罚；若因交通标志模糊导致违法，驾驶员可申请行政复议，交警可能酌情减轻或免除处罚。

建议：单位应加强车辆管理，定期组织驾驶员学习交通法规；驾驶员在路口无指挥时，务必减速观察交通标志，避免侥幸心理。若对处罚有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。