当您的车辆在三天后被发现被刮擦，并且您已经找到了肇事者时，可以按照以下步骤来处理这个问题，以最大程度地保护您的权益：

一、立即与肇事者取得联系并记录损害情况

1. 详细记录损害：首先，再次仔细检查车辆受损部位，并用清晰的照片从多个角度记录下刮擦的痕迹，包括位置、形状、大小及深度等。这些照片将作为后续协商或法律程序的重要证据。
2. 与肇事者沟通：通过合适的方式（如电话、短信或面对面）与肇事者取得联系，说明您车辆受损的情况，并表达希望协商解决的意愿。

二、协商赔偿事宜

1. 提出合理赔偿要求：根据车辆受损的实际情况，向肇事者提出合理的维修费用赔偿要求。您可以提供维修店的报价单或估价单作为依据。
2. 签订书面协议：如果肇事者同意赔偿，建议双方签订一份书面协议，明确赔偿金额、支付方式、支付时间等细节。这有助于避免后续可能出现的纠纷。

三、考虑报警处理（如协商无果）

1. 报警并说明情况：如果与肇事者协商无果，或者肇事者态度恶劣、拒绝赔偿，您应立即报警。向警方详细说明车辆受损的情况、发现的时间、地点以及您已经找到肇事者但协商未果的事实。
2. 配合警方调查：警方将介入调查，并可能要求您提供相关证据，如照片、维修报价单等。请积极配合警方的调查工作，提供必要的协助。
3. 获取事故责任认定书：警方调查完毕后，将出具事故责任认定书。这份认定书将明确肇事者的责任，并为后续索赔提供法律依据。

四、向保险公司报案（如适用）

1. 查阅保险条款：在处理此事的同时，别忘了查阅您的车险保单，确认是否购买了车损险、划痕险等相关险种，以及具体的保障范围和理赔条件。
2. 及时报案：尽管事故发生已有三天，但仍应尽快联系保险公司进行报案，并提供详细的损害记录和照片。部分保险公司对报案时间有要求，延迟报案可能会影响理赔进程。
3. 提交理赔申请：根据保险公司的要求，提交理赔申请和相关材料。保险公司将根据保险合同进行定损和理赔。

五、预防措施与建议

1. 加强车辆防护：为车辆安装行车记录仪，选择安全的停车位置，如有可能，尽量停放在有监控覆盖的区域。
2. 提高安全意识：驾驶和停车时注意观察周围环境，避免车辆处于高风险区域。
3. 及时咨询法律专业人士：在处理过程中，如遇复杂情况或法律问题，建议及时咨询专业律师或法律机构，以确保自身权益得到充分保护。

综上所述，当您找到肇事者后，应首先尝试协商解决赔偿事宜。如果协商无果，应立即报警并配合警方调查。同时，别忘了向保险公司报案并提交理赔申请。最后，加强预防措施和提高安全意识也是避免类似事件再次发生的重要保障。