结论：店长将牙疼请假算作旷工三天的行为是否合法，需根据具体情况判断，但一般情况下，若员工能提供合理证明，店长此行为不合法。

分析如下：

1. 旷工的定义与法律规定：

   • 旷工通常指员工无正当理由未到岗工作，且未按规定履行请假手续的行为。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工因病需要请假时，应提供相应的医疗证明，并按照公司规定的流程进行请假。

2. 牙疼请假的合理性：

   • 牙疼作为一种常见的身体不适，若严重到影响正常工作和生活，员工有权请假休息。
   • 员工在请假时，应尽可能提供医疗证明（如医生诊断书、病假条等），以证明其请假的合理性。

3. 店长将牙疼请假算作旷工的合法性分析：

   • 若员工能提供合理证明：如医疗证明等，证明其牙疼确实需要请假休息，那么店长将其算作旷工的行为是不合法的。员工有权要求店长纠正此行为，并可能因此向劳动仲裁机构申请仲裁。
   • 若员工未能提供合理证明：如未提供医疗证明或证明不足以证明其请假的合理性，那么店长将其算作旷工的行为可能具有一定的合理性。但即便如此，店长也应先与员工沟通，了解情况后再做决定，而非直接算作旷工。

4. 可能的法律后果：

   • 若店长违法将员工牙疼请假算作旷工，员工有权向劳动仲裁机构申请仲裁，要求店长纠正错误、支付旷工期间的工资（若实际未旷工）及可能的赔偿。
   • 劳动仲裁机构将根据双方提供的证据和法律规定，作出公正的裁决。

建议：

• 员工方面：在请假时，应尽可能提供医疗证明等合理证明，以证明其请假的合理性。若店长将其算作旷工，可先与店长沟通协商，协商无果后再向劳动仲裁机构申请仲裁。
• 店长方面：在处理员工请假事宜时，应秉持公平、公正的原则，要求员工提供合理证明，并根据证明情况作出决定。若员工确实因病需要请假，应给予理解和支持，而非直接算作旷工。

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