法律援助律师在刑事起诉后，确实可以与检察官通过电话沟通证据瑕疵问题。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律援助律师的职责与权利

法律援助律师作为被告人的辩护人，其核心职责是维护被告人的合法权益，确保司法公正。根据《刑事诉讼法》及相关规定，辩护律师有权查阅、摘抄、复制案卷材料，了解案件情况，并可以与在押的犯罪嫌疑人、被告人会见和通信。同时，辩护律师也有权就案件中的证据问题、法律适用问题等与检察官进行沟通，提出自己的意见和看法。

二、与检察官沟通证据瑕疵的合法性

1. 沟通方式：法律援助律师与检察官的沟通方式并不局限于书面形式，电话沟通作为一种便捷、高效的交流方式，在司法实践中被广泛采用。只要沟通内容合法、合规，不违反法律规定和司法程序，电话沟通是完全可行的。
2. 证据瑕疵的沟通：证据瑕疵是刑事案件中常见的问题，可能涉及证据的合法性、真实性、关联性等方面。法律援助律师在发现证据瑕疵后，有责任及时与检察官沟通，提出自己的质疑和意见。这有助于检察官更全面地了解案件情况，作出更准确的判断，从而保障被告人的合法权益。

三、沟通时的注意事项

1. 保持专业态度：法律援助律师在与检察官沟通时，应保持专业、客观、理性的态度，避免情绪化或攻击性的言辞。这有助于建立信任关系，促进有效沟通。
2. 准备充分材料：在沟通前，法律援助律师应准备好相关的案卷材料、法律条文和案例等，以便在沟通中能够准确、清晰地表达自己的观点和意见。
3. 记录沟通内容：为了保障沟通的准确性和可追溯性，法律援助律师可以记录沟通的时间、地点、参与人员以及沟通的主要内容等。这有助于在后续工作中回顾和总结沟通情况，为案件处理提供有力支持。

四、可能面临的挑战与应对

1. 检察官的态度：有时检察官可能对法律援助律师的沟通持保留态度或不予回应。这时，法律援助律师可以通过书面形式再次提出自己的意见和看法，或者通过其他合法途径（如申请召开庭前会议等）来维护被告人的合法权益。
2. 证据瑕疵的认定：证据瑕疵的认定是一个复杂而敏感的问题。法律援助律师在提出证据瑕疵时，应确保自己的观点有充分的法律依据和事实支持。同时，也要尊重检察官的判断和决定，通过合法途径寻求解决方案。

建议：如果你作为被告人或其家属，发现案件中存在证据瑕疵问题，可以及时向法律援助律师反映。法律援助律师会根据你的情况，与检察官进行沟通，提出相应的意见和看法，以维护你的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。