若车贷合同中明确约定了按时还完车贷后仍需支付违约金的相关条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么违约金的计算方式应按照合同约定执行。具体来说：

1. 合同约定优先：

   • 违约金的具体数额或计算方法（如按未偿还金额的百分比计算、按固定金额计算等）应在合同中明确约定。
   • 若合同中有此类约定，且该约定合法有效，则贷款方有权按照约定收取违约金。

2. 违约金计算的合法性审查：

   • 即使合同中有违约金的约定，该约定也不得违反法律法规的强制性规定。例如，违约金数额不得过高，否则可能被视为“高利贷”或“霸王条款”，从而被法院或仲裁机构调整或撤销。
   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

3. 无约定或约定不明时的处理：

   • 如果车贷合同中没有明确约定按时还完车贷后仍需支付违约金，或者约定不明确，那么贷款方通常无权要求借款人支付此类违约金。
   • 在此情况下，如果贷款方坚持要求支付违约金，借款人可以拒绝，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。

4. 实际操作建议：

   • 借款人应仔细阅读车贷合同，特别是关于违约金的条款，确保自己了解并同意合同中的所有内容。
   • 如果对合同中的违约金条款有疑问或不满，应及时与贷款方沟通协商，寻求修改或删除相关条款。
   • 在还款过程中，借款人应保留好所有还款凭证和与贷款方的沟通记录，以备不时之需。