核心结论：男方起诉离婚，但案由写的是“女方申请与男方的家庭婚姻纠纷案”，这种情况可能涉及案由表述的误差或特定情境下的法律程序处理，并不直接决定案件的实质走向。以下从几个可能的角度进行分析：

1. 案由表述的误差：

   • 在实际法律文书中，案由的准确表述对于案件的分类和处理至关重要。但有时由于笔误、理解偏差或程序上的疏忽，案由的表述可能并不完全准确。
   • 如果男方确实是起诉离婚的一方，而案由却表述为“女方申请与男方的家庭婚姻纠纷案”，这很可能是案由表述上的误差。在这种情况下，法院或相关法律程序可能会根据实际内容进行纠正或调整。

2. 特定情境下的法律程序处理：

   • 在某些特殊情况下，如双方可能存在共同申请或协商离婚的意愿，但在法律程序上仍由一方作为起诉方时，案由的表述可能会反映这种协商或共同申请的背景。
   • 例如，如果女方在离婚过程中也提出了某些诉求或申请，而法院为了全面反映案件情况，可能在案由中提及了女方的申请。但这并不意味着女方是起诉方，而是反映了案件处理的全面性和复杂性。

3. 法律建议：

   • 对于这种情况，首先建议男方（或双方）仔细审查法律文书，特别是案由部分，确保其准确反映了案件的实际情况和诉求。
   • 如果发现案由表述存在误差或不符合实际情况，应及时向法院提出更正申请，以避免对案件处理产生不必要的误解或影响。
   • 同时，无论案由如何表述，双方都应积极配合法院的法律程序，提供必要的证据和材料，以维护自己的合法权益。

进一步思考：

• 在处理离婚纠纷时，案由的准确表述虽然重要，但更重要的是案件的实质内容和双方的权利义务关系。因此，无论案由如何，双方都应关注案件的实质处理，积极寻求法律帮助和解决方案。
• 如果对案由或案件处理有任何疑问或不满，可以及时向法院或相关法律机构提出咨询或申诉，以确保自己的权益得到妥善保护。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。