《中华人民共和国传染病防治法》的现行施行时间为2013年6月29日。以下是对该问题的详细解答：

1. 法律修订历程：

   • 初始实施：该法最初于1989年2月21日由第七届全国人民代表大会常务委员会第六次会议通过，并于同年9月1日起正式施行。这一法律的出台，标志着我国在传染病防治方面有了专门的法律依据。
   • 第一次修订：随着社会经济的发展和医疗技术的进步，原有的《传染病防治法》已不能完全适应新形势下的传染病防控需求。因此，该法律在2004年8月28日经由第十届全国人民代表大会常务委员会第十一次会议进行了全面修订，并自2004年12月1日起施行。
   • 第二次修订（现行版本）：为进一步适应传染病防控的新形势和新要求，第十二届全国人民代表大会常务委员会第三次会议于2013年6月29日对《传染病防治法》的部分条款进行了修正。此次修正旨在进一步完善传染病防控机制，提高防控效率。修正后的《传染病防治法》即现行版本，自2013年6月29日起施行。

2. 法律目的与意义：

   • 预防和控制传染病：该法的制定和实施，根本目的在于预防、控制和消除传染病的发生与流行，从而保障人体健康和公共卫生安全。
   • 提供法律保障：通过法律手段规范传染病的预防、控制、救治和应急处置等工作，可以有效提高我国应对突发公共卫生事件的能力，减少传染病对人民群众生命安全和身体健康的威胁。

3. 实际应用中的指导意义：

   • 指导防控工作：在实际应用中，《传染病防治法》对于指导各级政府、医疗卫生机构和社会公众应对传染病疫情具有重要意义。例如，在疫情爆发期间，政府可以依据该法采取隔离、封锁、紧急医疗救治等必要措施。
   • 明确法律责任：该法明确了政府、医疗卫生机构、单位和个人在传染病防治中的法律责任和义务。对于违反法律规定的行为，将依法追究相应的法律责任，从而增强了法律的威慑力和执行力。

4. 法律条款的细化与完善：

   • 分类管理：现行《传染病防治法》对传染病进行了分类管理，根据传染病的传播速度、流行强度和危害程度等因素，将传染病分为甲类、乙类和丙类，并分别制定了相应的防控措施。
   • 疫情报告制度：该法规定了疫情报告制度，要求医疗卫生机构、疾病预防控制机构等及时报告传染病疫情，确保政府能够及时掌握疫情动态，采取有效的防控措施。
   • 应急处置流程：在应急处置方面，该法明确了应急处置的流程和措施，包括疫情的确认、报告、隔离、救治、消毒等环节，为有效应对传染病疫情提供了法律保障。

综上所述，《中华人民共和国传染病防治法》的现行施行时间为2013年6月29日。该法在预防和控制传染病、保障人体健康和公共卫生安全方面发挥着重要作用。如果您在传染病防治方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。